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Accueil du site > Actualités > Technologies > La prochaine révolution en génétique a commencé

La prochaine révolution en génétique a commencé

Un fort remarqué billet scientifique écrit par Carl Zimmer vient d’être publié dans le NY Times. Voilà bien deux décennies que les médias parlent des gènes en s’adressant au grand public, annonçant que le gène responsable d’une maladie a été identifié. Du coup, la notion de maladie génique est devenue courante, comme du reste son corollaire en matière médicale, la thérapie génique. Du point de vue conceptuel, la maladie génique est triviale, comme du reste la thérapie génique si aisée à expliquer dans les médias moyennant quelques croquis animés. Mais dans le concret du laboratoire, les choses ne se déroulent pas aussi simplement et le gène n’est pas l’élément aussi évident qu’on a pu croire pendant quelques décennies. C’est justement la remise à plat du rôle et de la définition du gène dont il est question dans ce très intéressant et détaillé article du NYT. Que je vais commenter en le recadrant dans une perspective élargie.

Une brève histoire du gène, tel pourrait être le sous-titre de cet article faisant le point sur l’état actuel de cette question. Une histoire introduite par une boutade. La bioinformaticienne Sonja Prohaska organise un prochain symposium portant sur le devenir incertain de la notion de gène. Elle a tenté une expérience, passer une journée sans prononcer ce mot de « gène ». Un véritable défi pour une scientifique passant son temps à rassembler toutes les données exploitables issues des recherches génétiques. Un défi, mais aussi une intéressante introduction à cette réflexion sur ce que les biologistes entendent par gène. Selon S. Prohaska, la plupart de ses confrères reviennent sur une définition devenue un peu trop classique et qui par paresse intellectuelle, a été conservée. Celle du gène défini comme une unité de séquence d’ADN censé coder pour une protéine et qui, dans une cellule, permet de produire cette protéine dans le cas où ce gène s’exprime.

Revenons sur cette aventure de la notion de gène qui, chez nous, a fait l’objet d’un livre fort intéressant du philosophe des sciences André Pichot (Histoire de la notion de gène, Champs Flammarion). On y apprend, comme du reste dans le billet du NYT, que la notion de gène fut élaborée il y a 100 ans, en 1909, par le biologiste danois Johannsen. Pichot explique bien le contexte de crise ayant poussé les généticiens à abandonner l’impasse de la pangénèse darwinienne et ses « particules de l’hérédité » au profit d’une notion plus abstraite et formelle, celle du gène (dont le nom vient d’une contraction de « pangène »). Cette innovation théorique était nécessaire, la biologie étant comme la physique, en crise à cette époque où fut forgée l’opposition entre génotype et phénotype (Pichot évoque cette période comme étant trouble). Dans ce contexte, Johannsen désigne par gène une sorte d’unité de compte ayant cours dans l’hérédité, une unité qui se transmet des géniteurs aux progénitures, sans préjuger de la nature du dispositif. En 1926, Johannsen précise son idée en concevant le gène comme une sorte d’unité de calcul, mais qui ne peut être assimilé à une unité morphologique ou à tout autre support particulaire. Voilà une situation bien cocasse. Le gène est un élément génotypique formel qui se transmet, mais sans support matériel identifié. Mais grâce aux travaux de Morgan, le gène parvient à trouver son support matériel. C’est en effet le locus, du latin lieu, qui rend compte de la transmission de caractères par voie héréditaire. Le locus est une zone déterminée d’un chromosome. Morgan et son équipe ont utilisé la mouche drosophile qui, grâce à ses chromosomes géants, a permis ce qui était pour l’époque une prouesse technologique. La découverte des loci sur les chromosomes signe l’acte de naissance de cette discipline qui ne cessera de s’émanciper au cours du XXe siècle. La cartographie des unités héréditaires sur les chromosomes représente le très lointain ancêtre du séquençage de l’ADN qui se pratique actuellement. Notons que le locus ne représentait qu’un espace, un emplacement de quelque chose causant la transmission héréditaire, mais sans connaître sa nature ni son fonctionnement. Mais ce ne fut que partie remise. On connaît la suite. Mais un recadrage semble intéressant.

Ces questions des gènes, des caractères hérités, des unités de transmission, elles s’inscrivent dans le cadre du paradigme atomiste moderne hérité du XIXe siècle. La recherche des substrats, des composants élémentaires. Il aura fallu beaucoup d’investigations en sciences physiques pour mettre en évidence l’atome, l’élément de base censé former les matériaux et rendre compte des réactions chimiques inorganiques et organiques. Ensuite, les composants de l’atome ont été élucidés, protons, neutrons, électrons, puis les particules élémentaires des champs quantiques. Revenons au XIXe siècle, l’hypothèse cellulaire en biologie est devenue une réalité grâce aux progrès de la microscopie. La science du XIXe siècle fut en quête d’ontologie, de substance, transgressant dieu merci les recommandations d’Auguste Comte. Chaque réalité doit se décomposer en éléments censés expliquer des phénomènes collectifs dont ils sont les causes. L’atome comme composant de la matière, cela semble trivial, comme la cellule élément des organes. Mais pour l’hérédité c’est moins évident. Autant les fonctions physiologiques apparaissent sous un jour limpide grâce aux investigations analytiques, autant la « fonction héréditaire », guillemets oblige, apparaît sous un angle flou eu égard à cette double tâche d’identifier ce qui s’hérite et ce qui en constitue le support. Avec en plus le schisme entre phénotype et génotype, un schisme qui date de 1910 et qui n’a pas été solutionné. Une unité causale, une unité résultante, ce schéma a pris du plomb dans l’aile. Mais, pourtant, la science fut près d’approcher ce Graal de la génétique.

Années 1950. Fini les chromosomes, place à l’ADN et au langage des séquences codées avec quatre lettre, GATC, le Graal de la génétique. L’hérédité enfin dévoilée comme codée à l’instar des codex et autres manuscrits dont se servit l’humanité pour transmettre ses cultures. L’idée était belle, sans doute trop crédible pour être vraie. Mais que de découvertes. L’unité de compte héréditaire est devenue une unité de compte cellulaire. Un gène, une protéine. Tel fut le dogme central en vigueur de 1960 à 1990. Quoi de plus séduisant que le paradigme hérité de l’opéron lactose et des modèles rétroactifs ayant propulsé Monod vers un Nobel plus que mérité, mais qui a mal vieilli, à l’instar des mélodies des Beach Boys. Le rêve mécaniste génétiste s’est évanoui parce qu’il n’a pas tenu ses promesses et que de plus des découvertes ont imposé de revoir la notion de gène, la place du gène tel qu’on l’a compris comme codant une protéine et en bout de course, toute la conception du vivant que les biologistes ont tenue pour définitive dans ses principes.

Rappel historique. Après l’aventure des loci sur les chromosomes, la découverte de l’ADN a complètement changé la stratégie de la biologie moléculaire. Mais aussi la compréhension du vivant à travers cette « super molécule quasi-magique » en forme de double hélice dont les propriétés se sont dévoilées peu à peu. La conception mutationnelle du gène, héritée du temps des chromosomes et des loci, est abandonnée (Pichot, p. 146) ; cédant la place au gène défini comme segment d’ADN, autrement dit comme une suite de « lettres géniques » de 10, 100 ou 1 000 éléments, formant un gène à l’instar des phrases du langage formées de lettres regroupés en mots. Une extraordinaire aventure scientifique a commencé. Un gène répond à deux fonctions, l’une globale, la transmission d’un patrimoine, l’autre élémentaire, servir de support informationnel contenant par le biais des codons, la séquence des acides aminés devant former les protéines de la cellule. Pendant trois ou quatre décennies, la biologie offrira de belles découvertes. Alors que les maladies géniques entreront de plain-pied dans ce paradigme avec la formule un gène altéré, une protéine modifiée, une maladie génique engendrée. L’apogée de la génétique se situe vers la fin des années 1990. Le séquençage des génomes est de plus en plus performant. Et le principe de base de la génétique de papa a été appliqué pour obtenir des structures de protéine par le biais de la séquence du gène qui les code. L’ADN s’est prêté à un ensemble d’usage pratique, mais les gènes, quel est leur rôle exact, que sont-ils devenus et quelle est leur place dans le fonctionnement de la cellule et l’organisme ? 

C’est ce genre de question que pose l’article du NYT en interrogeant les découvertes récentes ayant poussé le gène hors du cadre dans lequel la génétique l’avait inscrit dans un marbre théorique qui s’est progressivement effrité. Plusieurs découvertes ont enrichi le schéma du gène s’exprimant, mais, aussi, soumis à diverses régulations. Des éléments imprévus ont jeté le trouble. Pendant les 1980s et 1990s, la biologie moléculaire a découvert un mécanisme essentiel, celui de l’épissage des ARN. La plupart des gènes sont formés d’une juxtaposition de séquences codantes, les exons, et de séquence non codantes, les introns (60 % des gènes humains subissent l’épissage alternatif). Un pré-ARN est transcrit, puis dans le noyau, les séquences d’intron sont « coupées » et l’ARN prêt à être traduit en protéine est disponible. Cela ressemble à un assemblage de mots choisis parmi les exons disponibles. Le dogme « un gène une protéine » a été quelque peu écorné, même si on peut penser que, sur le principe, rien n’a changé. A titre d’exemple extrême, le gène Dscam chez la drosophile peut coder 38 000 ARN messagers différents, soit plus que le nombre de gènes répertoriés dans le génome de cette espèce.

Mais, en vérité, ces histoires d’épissage ne contredisent pas le dogme fondamental de la génétique. C’est disons un puissant amendement à la constitution réglant la circulation de l’information depuis le génome vers les protéines. D’autres constats sont plus troublants. Le papier du NYT évoque l’exemple du linaire, variété de fleur dont une espèce transmet un morphotype non pas sur la base d’un élément génique, mais d’une modification épigénétique, précisément une série de méthylations. Le lien direct entre ADN et hérédité doit lui aussi être amendé. Comme d’ailleurs le lien entre ADN et codage de séquence protéiques. En effet, un à deux pour cents de l’ADN est traduit en protéine. A quoi sert donc la plus grande partie de l’ADN ? Pour l’instant, les travaux de l’Encode team permettent de penser que pratiquement l’essentiel de cet ADN non génique (au sens d’un gène une protéine) est effectivement transcrit en ARN non codant. Le rôle de ces ARN n’est pas connu, mais quelques effets régulateurs dans le noyau ont été identifiés par Mello et Fire ; Nobel à la clé.

Cette question de l’ARN non codant est au centre des futures réflexions théoriques sur ce vaste problème de l’information génique et du mystère de l’ADN. Le papier du NYT évoque deux options opposées. Le Dr Haussler pense que tout cet ARN transcrit est, en fait, inutile et, en quelque sorte, mis à la poubelle, comme les pages web visitées mises à la corbeille de notre ordinateur. Le raisonnement de Haussler est contraint par la doctrine de la sélection naturelle. 4 % de l’ADN non codant aurait été soumis à la pression sélective. Mais ce que ne dit pas le billet du NYT, c’est qu’aussi une faible proportion de l’ADN codant a été soumise à cette pression, selon les conclusions de Mooto Kimura. Pour parachever cette étude, le rôle des virus comme vecteurs d’information est lui aussi évoqué. Un peu comme si l’ADN était un disque dur échangeant avec d’autres individus d’une même espèce ou d’une autre des quantum d’information génique.

La chute du billet de Zimmer est d’une incroyable subtilité heuristique. Il faut croire que ce journal est capable de publier des articles savants d’un niveau qu’on ne trouve pas ici, même dans La Recherche. C’est dire si les Américains sont au top. Nous voilà revenu à la case départ dit Zimmer, au moment où Johannsen concevait le gène comme une unité de calcul, sans fonction ni support connu, intervenant dans la transmission des phénotypes. Certes, nous en savons bien plus qu’en 1909, mais le gène a perdu les certitudes théoriques qu’il avait acquises avec cette incroyable somme de recherches en génétique. Précisément, le gène n’est qu’un petit morceau d’ADN dont les fonctions ne sont plus clairement établies ; une entité plus formelle que fonctionnelle. La biologie est à nouveau en crise, comme dans les années 1910-1930. C’est fascinant.

Mais si le gène n’est plus tel que la biologie l’a conçu entre 1960 et 2010, quel est-il ? Ce n’était plus une unité de calcul morphologique, ce n’est plus strictement une unité d’encodage de protéine. Qu’est-ce donc ? Je vous livre en exclusivité ma propre idée. C’est une unité de logiciel cellulaire que, pour l’instant, nous ne savons pas lire. Car voilà bien le stade final de cette belle aventure scientifique. Les biologistes ont essayé de comprendre le gène à travers un système d’interprétation associant les idées formelles mécanistes aux résultats de la génétique de laboratoire. Les hommes ont essayé de traduire le langage des gènes dans leur propre langage, ordinaire, macroscopique (à comparer avec la tension épistémologique entre le monde quantique et classique du temps de Bohr). Cela a donné quelques zones d’intelligibilité. Mais la vérité, elle, repose sur un saut gigantesque par lequel on déplace le lieu des subjectivités et l’on tente de comprendre la lecture des gènes non pas de notre point de vue, qui incorpore à notre insu, sans que nous le sachions, des éléments anthropologiques, mais du point de vue de la nature du vivant telle qu’elle peut émerger pour peu qu’on puisse entamer une sorte de dialogue avec un système que nous n’avons pas conçu et qui, en plus, nous a conçus. Autrement dit, si nous pouvons écrire des lignes de programmes de logiciel informatique, nous ne savons pas comment la nature écrit et modifie et lit ses propres lignes de programmes orchestrées dans un réseaux d’éléments de calculs associant le disque dur de l’ADN et les modules de logiciel que semblent être les ARN. Etonnant et vertigineux. Cela dit, on reprochera à cette vision d’autres éléments anthropologiques et notamment les éléments métaphoriques liés à l’informatique. Mais nous n’avons pas le choix.


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27 réactions à cet article    


  • yoda yoda 14 novembre 2008 11:25

    J’ai bien aime l’article, excepte le dernier chapitre.

    "Cela dit, on reprochera à cette vision d’autres éléments anthropologiques et notamment les éléments métaphoriques liés à l’informatique. Mais nous n’avons pas le choix."

    Quitte a etre obliger d’utiliser des elements anthropologiques, je ne ne pense pas que les metaphores lies a l’informatique soient les plus pertinentes (ceci est vrai aussi pour le fonctionnement du cerveau)... Les principes qui regissent l’evolution et la stabilite des systemes naturelles et biologiques me semblent assez eloignes des principes qui regissent la construction et l’utilisation d’un ordinateur...

    Personnellement, la metaphore que je proposerai, si il faut une metaphore, est que la cellule est une Societe de molecule... Les differentes biomolecules et types de biomolecules (Adn, Arn, proteine (facteurs de transcription, enzymes, transporteurs etc...), membranes lipidiques, organelles etc...) se repartissent et gerent les taches necessaires (transport, metabolisme, recyclage, regulation, division, memoire, adaptabilite etc...) a la survie et la croissance de la cellule . Ces molecules s’organisant dans l’espace et dans le temps en fonction des ressources et des stress environmentaux que rencontrent la cellule. Votre article temoigne juste que les genes, en plus de leur role primordiale et non exclusive dans la transmission hereditaire, ont une tache de regulation beaucoup plus flexible que les gens l’ont imaginer jusque recemment... C’est tres important, mais pas de quoi y deceler une brisure epistemologique de l’ontologie genique  smiley


    • Bernard Dugué Bernard Dugué 14 novembre 2008 11:38

      Vous oser la métaphore d’une société de molécule, c’est une idée recevable mais il n’y a pas plus anthropologique que d’évoquer la notion de société, quoique, on pourrait aussi partir des insectes sociaux

      La biologie n’a fait qu’utiliser des métaphores et même des modèles calqués sur les métaphores, comme le modèle rétroactif calqué sur le missile qui corrige sa trajectoire. Cf. l’opéron lactose et l’allostérie dans la fixation de l’oxygène sur l’hémoglobine, et des produits d’une réaction sur l’enzyme qui les a synthétisés.

      Pour ma part, je pense que nous sommes à la veille d’une révolution, la biologie étant au stade de la physique avant la révolution quantique



    • geo63 14 novembre 2008 13:49

      @ yoda. A votre approche moléculaire j’ajouterais un zeste de "reconnaissance moléculaire" chère à Jean-Marie Lehn, chimiste du Collège de France et Nobel 1987 que peu d’AVoxiens semblent connaître.
      C’est pourtant un grand, un très grand toujours en activité, mais qui publie peu...dans les médias.


    • foufouille foufouille 14 novembre 2008 11:54

      ils ne soigneront probablement jamais ce genre de maladies
      il y en a beaucoup. et en plus on est juste 1000 ou 2000 maxi a avoir la meme
      donc non rentable pour vendre des medocs
      par contre la recherche a besoin de fric ............


      • Bernard Dugué Bernard Dugué 14 novembre 2008 12:16

        Vous m’offrer l’occasion d’aborder un aspect financier qui est le nerf de la découverte mais que je n’ai pas abordé dans ce billet

        le papier du NYT time parle de 190 millions de dollars, belle somme, allouée au projet epigenome qui a pour objectif de comprendre les mécanismes épigénétiques dans la cellule

        Et la France ?


      • foufouille foufouille 14 novembre 2008 13:07

        on a au minimum le telethon qui "cherche" une solution a la myopathie.........
        plein de fric tout les ans et zero decouvertes.........


      • JL JL 14 novembre 2008 12:00

        C’est un peu comme en physique où chaque nouvelle avancée révèle un nouveau champ d’étude ignoré : après les atomes, les particules élémentaires, les quarks, le bosons de Higgs, etc … comme un abîme sans fond

        Il n’y aura jamais de fin à ces recherches, et il serait temps de s’interroger sur ces quêtes du Graal, cette recherche fondamentale budgétivore alors que les domaines de la recherche appliquée sont délaissés par les budgets démocratiques, et laissés entre les mains des prédateurs. Une toute petite part de l’argent qui a servi à construire le LHC permettrait d’invalider les OGM dans l’alimentation ainsi que , n’en doutons pas, nombre de médicaments.

        Je n’ai rien à dire concernant le dernier paragraphe, il relève d’un discours auquel les lecteurs de l’auteur sont habitués.


        • aquad69 14 novembre 2008 13:12

          Bonjour JL,

          en effet, et celà coule de source : la physique "des particules" est en quelque sorte un voyage en direction de l’infinitésimal, donc non pas en direction du zéro, mais en direction de ce qui tend vers le zéro.

          Cad, le long d’une courbe indéfiniment prolongée, une recherche sans fin...

          @ Bernard,

          très bon article, merci.

          Cette perplexité des biologistes devant les nouveaux horizons qui s’annoncent en génétique est à rapprocher de celle suscitée quand ils cherchent à expliquer les mécanismes de l’évolution, en particulier dans les cas d’apparitions des nouvelles formes animales.

          Mais le problème est peut-être dû à la difficulté des chercheurs à sortir de leurs habitudes de considérer les choses ; certains phénomènes, comme par exemple la récurrence de formes simililaires dans des biotopes sans contacts entre eux, qui paraîssent inexplicables si l’on considère les espèces sous la forme de "collections d’individus" soumises au hasard, pourraient s’éclaircir si l’on les étudiait sous la perspective de "lignées exprimant des potentiels" de façons récurrentes.

          Mais ce qu’il faut comprendre, c’est que dans ce Monde, dans quelque domaine que ce soit, aucun paradigme n’est jamais "absolu". Il n’est toujours valable que dans une certaine "fourchette de perspective".

          Une des caractères les plus frappants chez beaucoup de scientifiques, c’est qu’ils ont souvent ce que l’on pourrait appeler un "esprit à sens unique", exclusif : il faut toujours qu’une chose soit vraie ou fausse, et, si l’on prouve qu’elle est vraie, alors c’est que son contraire est nécessairement faux.

          Voilà un postulat très discutable, mais qui a toujours été systématiquement utilisé comme machine de guerre contre les anciens savoirs par les "nouveaux prêtres de la science" (cf votre précédent article, d’ailleurs).

          Or c’est un des caractères parmis les plus frappant de ce Monde que d’avoir de multiple facettes : dans quelque direction que l’on cherche, on fini toujours par trouver, selon la perspective que l’on se donne.

          Considérez toute réalité comme purement physique et matérielle, et vous créerez la science moderne. Voyez-la comme on la voyait jadis, moins par analyse que par intuition directe, et vous découvrirez d’autres sciences, qui n’en seront pas moins vraies parce qu’apparemment "réfutées" par les nôtres.

          La dispute entre les tenants de la science moderne et ceux de la vision traditionnelle (pas forcément religieuse d’ailleurs) est un faux débat entre des extrémistes d’autant plus "exclusifs" qu’ils sont ignorants...

          Cordialement Thierry




        • ZEN ZEN 14 novembre 2008 12:08

          "...qui incorpore à notre insu, sans que nous le sachions, des éléments anthropologiques, mais du point de vue de la nature du vivant telle qu’elle peut émerger pour peu qu’on puisse entamer une sorte de dialogue avec un système que nous n’avons pas conçu et qui, en plus, nous a conçus. Autrement dit, si nous pouvons écrire des lignes de programmes de logiciel informatique, nous ne savons pas comment la nature écrit et modifie et lit ses propres lignes de programmes orchestrées dans un réseaux d’éléments de calculs associant le disque dur de l’ADN et les modules de logiciel que semblent être les ARN..."

          Pas tout compris...Dur !Mais stimulant...

          Comment éviter les schémas anthropologiques , les paradigmes anthropocentrés, comme "vie sociale des cellules", "code génétique" , issu du langage humain.. ?
          On ne peut que remplacer un modèle par un autre , moins mauvais...

          Quel "dialogue" avec la nature ? La nature en tant que telle ne se livre pas directement, mais nous ne pouvons en saisir une certaine représentation (toujours imparfaite, lacunaire, donc provisoire) , qu’à travers nos représentations.(Merci Kant !)

           La natura naturans n’est "accessible" qu’à l’esprit du croyant ou du mystique
          Nous ne saurons jamais "comment la nature écrit....." , sauf à faire confiance à la Bible , à Leibniz ou à Bergson..Mais ceci est affaire de foi ou de spéculation philosophique à haut risque...


          • Bernard Dugué Bernard Dugué 14 novembre 2008 12:24

            On peut aussi faire confiance à la mécanique quantique. Les formes des orbitales électroniques sont écrites en formules mathématiques qu’on obtient en intégrant l’E Schödinger dans le cas de l’atome d’hydrogène, cas de deux particules simplifié en une et un potentiel en 1/r

            Quant à entrer dans les secrets de la nature, c’est un coup osé, Kant aurait dit subreption transcendantale

            Mais comme j’aime bien Foucault qui se disait présomptueux, je parlerais de présomption transcendantale

            Tu as raison, c’est stimulant, d’imaginer comment la Nature lit les lignes de programme ou d’instruction de l’ADN. C’est une piste que j’offre aux généticiens




          • La Taverne des Poètes 14 novembre 2008 16:39

            Il est quelle heure à ton pendule Foucault ?


          • janequin 14 novembre 2008 17:10

            On peut aussi faire confiance à la mécanique quantique. Les formes des orbitales électroniques sont écrites en formules mathématiques qu’on obtient en intégrant l’E Schödinger dans le cas de l’atome d’hydrogène, cas de deux particules simplifié en une et un potentiel en 1/r

            Bravo Bernard Dugué pour ce papier, qui montre bien comment tout est plus complexe. Et cela devrait faire réfléchir tous ceux qui prétendent intervenir de manière mécaniste sur le vivant.

            Cependant, comme je l’ai indiqué dans un autre commentaire d’un de vos écrits, et pour répondre à votre dernière intervention, la forme mathématique des orbitales atomiques n’est déterminée mathématiquement que pour l’atome d’hydrogène. Elle a été appliquée par défaut aux orbitales atomiques des autres atomes, parce que Schrödinger n’est plus soluble lorsque l’on étudie l’interaction de trois particules (le noyau de l’hélium ainsi que les deux électrons qui gravitent autour de lui par exemple). Certes, les physicochimistes ont développé des méthodes d’approximation qui permettent de déterminer approximativement - encore une fois - les énergies associées. Tant qu’on en sera réduit à faire de telles approximations semianalytiques et numériques (méthode des variations par exemple), il sera impossible de faire des prévisions autres qu’empiriques sur le comportement des atomes, des molécules, et donc du génome, qui est simplement formé de molécules plus complexes.

            Les prévisions empiriques dont je parle sont bien sûr celles déduites de l’expérience - mais en aucune façon elles ne peuvent être absolutisées par la mécanique quantique - qui peut permettre de vérifier, d’avoir des idées plus claires de ce qui se passe (par exemple en étudiant la probabilité de contrôle orbitalaire d’une réaction).


          • NWN NWN 14 novembre 2008 12:21

            L’homme est-il une machine où un être vivant ?

            ça pourrait rejoindre les études de Bruce H. Lipton .

            "La biologie des croyances" vous connaissez ?

            http://solutionsmieuxetre.com/index.php?option=com_content&task=view&id=403&Itemid=201


            • ZEN ZEN 14 novembre 2008 13:05

              Je n’aime pas le titre , assez racoleur, comme certains de Sciences et Vie...

              Une révolution scientifique ne se décrète pas...


              • catastrophy catastrophy 14 novembre 2008 14:06

                 Mal vieilli ?
                 Voir Ici


                • catastrophy catastrophy 14 novembre 2008 14:20

                   Métaphore et métonymie : ce sont nos prisons.


                • La Taverne des Poètes 14 novembre 2008 16:37

                  Un symposium s’imposait donc pour parler gènes sans gêne.

                  La génétique attaque,
                  la génétique en toque
                  jusque dans l’assiette : la généticobifteck !

                  La génétique,
                  elle donne à Sarkozy des tics.
                  Et à son chien des tiques.

                  La théorie quantique
                  aussi dans son palais de stuc.
                  Et les NTIC ?

                  Il leur portera le coup d’estoc !
                  A la bibliothèque
                  il n’ a rien sur la génétique.

                  Seulement sur l’ADN...





                  • Patrick Gaudray Patrick Gaudray 14 novembre 2008 17:09

                    Bien intéressant, le papier de Zimmer dans le NY Times.
                    Merci de nous le faire partager.
                    Mais, dans le fond, que dit-il qui ne soit pas présent dans le vécu quotidien de tout chercheur, particulièrement généticien, raisonnablement cortexé ?

                    Le fait qu’on ait trouvé des gènes dont les altérations sont très clairement responsables de maladies génétique n’est pas remis en cause. Le fait qu’on ne sache pas grand-chose et que, ainsi que l’écrivait le physicien Charles Nordman en 1919 : « la science est comme une clairière dans la forêt de l’inconnu. Plus elle élargit cette clairière plus elle nous met en rapport avec l’inconnu », ne fait que nous amener à percevoir tout ce qui nous reste à découvrir.

                    En ce qui concerne le livre d’André Pichot (Histoire de la notion de gène), je souscris à l’analyse qu’en a faite Antoine Danchin pour "la Recherche", lorsqu’il écrit qu’il " propose une histoire qui tient plutôt du réquisitoire et où le jugement de valeur sans fondement tient lieu d’examen rigoureux des faits".
                    La notion de gène a été effectivement établie avant qu’Avery, McLeod et McCarthy démontrent en 1941 (eh oui, j’aime bien les vieilles histoires qui nous rappellent que nos connaissances d’aujourd’hui ne datent pas d’hier) que l’ADN était "le" support physique de l’hérédité. On a appris depuis qu’il n’était pas le seul support de l’Hérédité, avec un grand "H". Peu importe. Qu’il existe une hérédité épigénétique, celle qui prend en compte la transmission des conditions d’expression des gènes, n’évacue pas l’hérédité génétique qui s’occupe de la transmission des gènes dans un environnement donné. Danchin le dit bien mieux que moi en parlant du "concept de programme sans lequel le jeu de l’hérédité est incompréhensible : ce qui est transmis de façon génétique est non l’organisme lui-même (c’était la théorie de la préformation), mais un ensemble de règles de construction. Ces règles déploient leurs effets concrètement dans un environnement donné ; et ces effets changent lorsque l’environnement change, c’est là tout l’intérêt d’un programme. C’est ainsi qu’en déplaçant un gène on peut faire développer une patte à la place d’une antenne chez la mouche drosophile !".

                    Ayant participé avec 49 autres collègues, il y a quelques années, à une enquête dont le thème était "pour vous, qu’est-ce qu’un gène", je me souviens avoir surtout insisté sur ce qu’il n’était pas. En fait, plus on en sait sur la transmission de l’information génétique et sur la structure des génomes (et des épigénomes), plus on est tenté, s’il faut le définir, à revenir à une notion purement génétique, et donc purement formelle du gène : il s’agit d’un fragment d’information génétique qui détermine un caractère héréditaire. Dans ce cas, peu importent les épissages multiples, par exemple.

                    "Selon S. Prohaska, la plupart de ses confrères reviennent sur une définition devenue un peu trop classique et qui par paresse intellectuelle, a été conservée. Celle du gène défini comme une unité de séquence d’ADN censé coder pour une protéine ..." : ceci est faux. Ou alors Madame Prohaska choisit bien mal ses collègues. Aucun des miens ne parle en ces termes. L’hyper simplification "un gène = une protéine" est abandonnée depuis fort longtemps. Pour moi qui ai vu, au début de ma carrière en 1977 arriver la notion de gènes en morceau, on parle d’épissage, je peux témoigner que s’il s’est agi d’une véritable révolution, les scientifiques, les vrais, ont d’emblée intégré le nouveau concept : c’était facile car il y avait des preuves scientifiques Un certain nombre de choses que vous présentez, ou que vous avez présenté dans un récent article, ne répondent pas à ce critère. Il est donc normal que les scientifiques y soient réticents.

                    La notion de gènes s’inscrirait de fait dans ce que vous appelez le "paradigme atomiste moderne hérité du 19ème siècle" si, justement, elle n’avait pas évolué, si elle n’avait pas débouché sur la génomique fonctionnelle, les réseaux de gènes, la régulation épigénétique, la plasticité du génome, et les premières approches de la complexité du vivant. Il faut bien commencer par le plus simple. C’est, d’ailleurs la vraie grande idée du moine Gregor Mendel, idée qu’il a eu dans un contexte scientifique où les "chercheurs" pensaient que pour comprendre l’hérédité dans sa complexité, il fallait comparer les individus les plus dissemblables possible. Lui a proposé de comparer les plus semblables, dont on pouvait espérer qu’ils ne diffèrent que par un –ou un petit nombre de caractères. Sans cela, pas de loi de l’hérédité abordable en 1860.

                    Qu’appelez-vous le "schisme entre phénotype et génotype, un schisme qui date de 1910 et qui n’a pas été solutionné" ? Personnellement, je l’ignore. Je peux admettre un lien complexe, et même, dans certains cas, une inconnue, mais un schisme, je ne vois pas …
                     
                    Je veux bien admettre que, pour certains, les mélodies des Beach Boys aient vieillies (moi, j’aime bien aujourd’hui encore !). Mais ce que nous a appris l’opéron lactose, et même, plus ancien encore, le phénomène de diauxie qui fit le sujet de la thèse de Jacques Monod en 1941 est toujours actuel, même si personne ne considère quoi que ce soit comme "définitif".

                    "La conception mutationnelle du gène, héritée du temps des chromosomes et des loci, est abandonnée (Pichot, p. 146)" : décidément, sacré Pichot ! Je ne sais pas de quoi il parle, pardon, de quoi vous parlez. Un principe de démarche scientifique est d’intégrer ce qui a été à la recherche de ce qui sera.Ainsi l’aventure du génome est loin d’être terminée, et je ne peux pas être d’accord avec vous pour placer l’apogée de la génétique la fin des années 1990 : elle se poursuit, et le plus intéressant est encore à venir. En fait, je crois qu’un de vos problèmes est de croire les âneries débitées par certains VRP de la vulgarisation scientifique qui essaient de nous faire croire qu’on sait tout avant que ce soit vrai. Je me souviens, dans une vie antérieure au cours de laquelle j’étais génomiste et cartographe du génome humain, on a essayé de nous faire croire que la carte du génome était connue parce qu’un article (français, d’ailleurs) en avait fait une compilation. On en aurait ri si les bailleurs de fonds de ladite recherche ne s’étaient pas servi de cette approximation scientifique pour supprimer tout financement à la cartographie du génome. Eh bien, à cette époque, si l’on avait dû se fier aux cartes existantes, on n’aurait jamais trouvé son chemin dans ce damné génome. Ainsi, les scientifiques ne sont pas les derniers à souffrir du non-respect du temps nécessaire à établir des résultats scientifiquement valables et fiables. Certes, je sais que je vais passer pour un généticien de papa, mais sans doute en suis-je un. Dommage que Sarkozy menace de me maintenir en activité jusqu’à 70 ans !

                    Arrivons-en maintenant à ces questions sémantiques qui concernent l’ensemble des séquences d’ADN dont on ne sait pas ENCORE à quoi elles servent. On a parlé d’ADN égoïste, d’ADN poubelle (junk DNA), peu importe, une fois encore ! Il s’agit là d’arguties dont le ridicule déclencherait l’hilarité s’il ne prêtait pas le dos à toutes les critiques, dont la vôtre, qui me paraissent fort peu fondées. En fait, la pensée de David Haussler, membre du consortium ENCODE, a été en partie trahie par les citations que le NYT a sorties de leur contexte, et plus encore par la traduction que vous en faites. En bon scientifique, Haussler parle de ce qu’il connaît Ce qu’il connaît, c’est l’évolution des génomes et surtout la conservation de séquences ente espèces. Non bloqué par le soi-disant dogme selon lequel seuls les gènes, tels qu’il étaient identifiés, étaient importants, et donc conservés au cours de l’évolution, il a, avec d’autre, étudié la conservation de séquences non-géniques. Il a eu la grande surprise ("It absolutely knocked me off my chair", dit David Haussler) de trouver des régions de très grande homologie dans l’ADN dit poubelle. Son raisonnement est, à partir de cette observation, de dire que ces morceaux d’ADN dont on ne sait à quoi ils servent, sont soumis à une très forte pression de sélection ET QUE, par conséquent, quelle qu’en soit la fonction, elle est clairement très importante. Il en tire la conclusion que les scientifiques doivent revoir leurs idées sur l’ADN poubelle. Il ajoute (traduction personnelle) : "Je pense que d’autres morceaux d’ADN poubelle se révéleront ne pas être "poubelle". Je crois que ce n’est que la partie émergée de l’iceberg, et que nous allons assister à de nombreuses autres découvertes du même ordre". Ainsi, très clairement, Haussler se place dans la mouvance de la génomique fonctionnelle moderne, celle qui pense qu’on est loin d’avoir élucidé le génome, et que le temps serait venu de passer à autre chose.

                    Je dois avouer que la subtilité heuristique de Carl Zimmer m’avait échappé. Il cite juste Tom Gingeras qui revient sur la seule définition - puisqu’il en faut une - du gène qui soit aujourd’hui admissible, et que j’indiquais en tête de ce commentaire. Celle-ci avait été donnée, il y a maintenant plusieurs années dans un journal de langue française (je dois avouer que j’ai oublié s’il s’agissait de la Recherche ou des cahiers spéciaux de Pour la Science), après enquête auprès de 50 généticiens français.
                    Le même thème avait été abordé en 2006 par Helen Pearson, dans la revue Nature ("What is a gene ?").

                    "C’est dire si les Américains sont au top" : encore une affirmation dont on aimerait connaître le fondement. Même si la puissance bulldozeresque des Américains en bioinformatique des génomes est avérée, il n’est, par contre, pas certain qu’elle les mène aussi loin que vous pouvez le penser. Cette discipline reste ouverte, et essentiellement ouverte à l’imagination et à la créativité, deux chose dont la pénurie de moyens de la recherche française n’a pas encore réussi à nous priver totalement. De grandes surprises nous attendent encore dans l’étude des génomes, et bienheureux celui qui peut dire aujourd’hui d’où elles viendront.

                    Enfin, un point sur lequel je peux être totalement d’accord avec vous : C’est fascinant !!!


                    • Patrick Gaudray Patrick Gaudray 14 novembre 2008 17:18

                      Désolé, mais un copier-coller m’ai fait écrire le contraire de ce que je pense : "Ainsi, très clairement, Haussler se place dans la mouvance de la génomique fonctionnelle moderne, celle qui pense qu’on est loin d’avoir élucidé le génome, et que le temps serait venu de passer à autre chose." devrait se lire :
                      "
                      Ainsi, très clairement, Haussler se place dans la mouvance de la génomique fonctionnelle moderne, celle qui pense qu’on est loin d’avoir élucidé le génome, et que le temps n’est pas encore venu de passer à autre chose".
                      Désolé


                    • Bernard Dugué Bernard Dugué 14 novembre 2008 18:26

                      Cher Patrick,
                      Merci pour ces longues précisions sur ce domaine que vous connaissez cent fois mieux que moi-même. Et ma foi, notre confrontation de points de vue aura je l’espère intéressé le lecteur. Je vais réfléchir à vos critiques qui sur quelques points, semblent reposer sur un malentendu mais j’avoue que la prose que j’utilise est disons, un peu spéciale. Pour les années 1990, j’aurais du parler de l’apogée d’une génétique, en évoquant notamment des dévouvertes, des médiatisations et un prochain tournant. Pour le top des Américains, je voulais évoquer la qualité du papier du NYT, tout en regrettant la bonne vieille revue La Recherche qui n’a plus rien de l’excellence et a viré en tabloïd de la vulgarisation scientifique (je vais me faire des amis je sens)

                      Pour ce qui est du copier collé, je penserais plutôt à une mutation de vos "gènes de la conscience" produite par l’inconscient. Freud appelle cela un lapsus. Oui, il est temps de passer à quelque chose de neuf mais sans laisser de côté les outils de la génomique. C’est fascinant mais j’avoue rester perplexe sur ce qui peut arriver, étant hélas trop déconnecté du milieu scientifique.

                      Au passage, donnez le bonjour de ma part à Bernard Meunier, s’il est encore dans les couloirs du CNRS après sa détonnante démission, il dirigea ma thèse à Toulouse



                    • Marc Viot idoine 14 novembre 2008 23:45

                      On ne sait rien des gênes, mais on autorise des OGM ...


                      • janequin 15 novembre 2008 10:48

                        A ce propos, on peut lire avec profit cette étude effectuée sous l’égide du gouvernement autrichien qui montre un impact non négligeable du maïs transgénique Monsanto sur la stérilité des souris.
                        Il est vrai que, jamais, ô grand jamais, les prêtres en blouse blanche (dont je fais d’ailleurs partie...) n’ont appliqué les résultats de l’expérimentation animale à l’être humain ! Oh non !

                        Autres liens :

                        pharmacritique
                        greenpeace


                      • cigaloue 15 novembre 2008 17:51

                        Mr DUGUE
                        J’ai lu votre article avec beaucoup d’intérêt et même si je n’ai pas le "bagage scientifque" nécéssaire à l’entière compréhension de tout le texte j’espère qu’avec un peu de bon sens et de l’intuition j’en aurai appréhendé ? 5% ? Je préfère malgré tout être sur des sites où sachant que je n’ai pas le "bagage" pour tout comprendre, je sens que cela élargit mon horizon de compréhension et c’est ce qui compte avant tout à mes yeux.

                        D’après ce que j’ai compris il y aurait un lien entre l’ADN et le codage séquence protéique et seulement 1 à 2 % de l’ADN est traduit en protéïne... ?

                        Comme cela semble acquis maintenant chaque fois que nous faisons une découverte c’est pour s’apercevoir qu’il y a encore tant d’autres portes derrière qui restent à ouvrir ... Mais on avance petit àpetit...


                        Comme nous le savons aussi seul un faible pourcentage de notre cerveau est utilisé jusqu’à présent.

                        Et voilà qu’un fait similaire sur l’ADN est mis à jour.

                        Ce que mon intuition m’évoquerait c’est que "l’Intelligente Nature" IN se serait donné une page blanche pour réussir à définir une entité humaine perfectible.
                        La traduction de 1 à 2 % serait ce qui aurait été "recopié au propre" et mémorisé sur ce que l’N considérerait comme "acquis" et pouvant donc être introduit sur l’ADN et transmis au fil de la transmission héréditaire. Les 98 % restants sont laissés pour les recherches, compréhensions, sélections, avancées, découvertes compromissions adptations et resélections de l’IN ; 98% de pages blanches servant de brouillons pour ces recherches pour l’amélioration de l’entité vivante (être humain) que nous sommes.
                        Nous savons que l’unité temps de l’humain, n’a rien de commun avec l’unité temps de l’IN et que des milliards d’année pour arriver à une solution satisfaisante et ré applicable et donc "transférée" sur le codage sont nécessaires pour ce travail de modifications et avancées dans la perfectibilité de l’être humain.

                        De plus, cette IN est sans cesse confrontée à des paramètres qu’elle n’avait pas nécessairement incorporé dans ses "unités de recherches" que seraient les codages séquences protéïques ?

                        Ainsi dans quelles proportions, les "calculs" ne seraient pas "faussés" obligeant l’IN à tout modifier - en considérant que nous introduisons dans nos corps, nos cellules, des produits chimiques toxiques qui sont capables de "perturber" la composition même des cellules ? idem de toutes les pollutions (air, eau...)
                        faussant ainsi les "stratégies" élaborées par l’IN dans son parcours de fondement de l’être humain perfectible que nous sommes ?

                        Je n’ai sans doute pas employé le vocablaire adéquat scientifique pour me faire comprendre précisemment. Mais des intelligences comme la votre, Mr DUGUE, doivent pouvoir être capables de se connecter à ce que je voudrais avoir de bon sens ou d’intuition pour en capter une partie du sens que j’ai tenté d’ exprimer - en tout cas je l’espère -

                        Je serais très heureuse si vous pouviez me donner votre avis sur ces hypothèses peut-être délirantes ou peut-être pouvant ouvrir une toute petite piste de réflexions... 


                        • Bernard Dugué Bernard Dugué 15 novembre 2008 18:20

                          Deux éléments de réponse

                          Pour ce qui est de l’ADN non codant, on ne sait pas quel est son utilité, mais on peut penser qu’il est traduit en une multitudes de petits ARN régulateurs. On connaît je crois 600 types d’ARNi et puis il y a d’autres ARN. Un généticien serait mieux à même de vous répondre.

                          L’idée que nous utilisons qu’un pour cent de notre cerveau est une fable. C’est Einstein qui l’a énoncé je crois et elle est reprise par l’église de scientologie. Nous utilisons 100 pour cent de notre cerveau, mais notre cerveau évolue avec l’âge. Il perd des neurones mais il augmente les couplages entre neurones

                          Pour ce qui est des toxiques, ils sont pour l’essentiel détoxifiés par le foie et la cellule est bien plus résistante qu’on ne le pense. Et quand ce n’est pas le cas, cela engendre des pathologies pas très sympathiques



                        • Sav 16 novembre 2008 09:21

                          Qu’est ce que vous en savez des résultats ? Rien, alors pourquoi dire des bêtises comme : ils (qui ?) vont pas trouver des médocs ... parce que c’est pas rentable..., etc.
                          Si on cherche pas, c’est sur qu’on peut pas trouver...


                          • Oreille Oreille 16 novembre 2008 18:37

                            Cet article résume de façon complexe, un peu trop, mon programme de biologie de terminale...
                            Soulignons les dérives de la découverte du génome humain, tant d’investissement exigent un retour d’argent. Comment exploiter ces découvertes ?
                            Le retour sur investissement se retrouvera certainement dans les polices d’assurance. J’ai appris que la propension à l’alcoolisme (par ex.), comme toutes propensions aux consommations de produits addictifs en général, est écrite dans un gène.
                            Exigera-t-on bientôt un caryotype complet du futur assuré pour fixer le montant mensuel de sa cotisation, ou pire encore une utilisation de celui-ci par la justice ?
                            J’en veux pour indice alarmant les expériences en cours (encore ?) à Reijkavik : le fichage génétique et médical de l’ensemble des Islandais, couplé à l’élaboration d’un arbre généalogique, dans le but de faire des recherches sur les maladies génétiques (1998).
                            Les scientifiques de ce domaine peuvent être passionnés par ce qu’ils font, mais jusque là les découvertes restent assez faibles. Ils se contentent d’observer ou répertorier, mais pas de découvrir !

                            La vérité est ailleurs, ces gens là feraient mieux de lire la bible. Einstein aurait ainsi trouvé la célérité de la lumière plus rapidement, en la calculant depuis un verset du Coran (70.3-4) écrit il y a 1400 ans.
                            Je ne peux m’empecher de rappeller que les 2 premières utilisations de la découverte de fission nucléaire ont été Hiroshima et Nagasaki, soit 300.000 victimes, alors à quoi peut-on s’attendre avec la génétique ?


                            • kristin66 16 novembre 2008 23:44

                              J’ai beaucoup aprécié votre article, ainsi que les commentaires de Patrick Gaudray.

                              Un de mes enseignants en module de "génétique des populations" vers le début des années 1990, disait "les êtres vivants ne sont que des artifices, qu’utilisent "les gènes" afin de se reproduire".

                              J’ai toujours trouvé une analogie entre le codage informatique et le codage génétique.
                              En codage informatique, nous travaillons avec une unité qui a 2 modalités : le bit, 0 ou 1 et des mots machine de 32, 64, 128 bits, etc..., en fonction de la machine.
                              En codage génétique, nous travaillons avec une unité qui a 4 modalités : la base, A, T, G ou C et le codon de 3 bases. Ca pulse !!!

                              A quand les ordinateurs à ADN ?
                              www.tech-faq.com/lang/fr/dna-computer.shtml
                              www.generation-nt.com/bio-ordinateur-adn-artificiel-masahiko-inouye-recherche-japon-actualite-120721.html

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