Le niveau ne fait rien à l’affaire.

Voici l’article 9C du traité de Lisbonne (alinéa 1 et 2) :

1-Le Conseil exerce conjointement avec le Parlement Européen, les fonctions législative et budgétaire. Il exerce les fonctions de définition des politiques et de coordination conformément aux conditions prévues par les traités.
2- Le Conseil est composé d’un représentant de chaque Etat membre au niveau ministériel habilité à engager le gouvernement de l’etat membre qu’il représente et a exercer le droit de vote.

Selon le premier alinéa. 
Le Conseil contrairement à votre affirmation ne se limite pas à une fonction législative. Il possède bien des fonctions éxecutives. Elles consistent à définir les politiques et à les coordonner. Définir des politiques est le rôle de l’éxecutif (Gouvernement) qui pour ce faire peut proposer des lois qui sont présentées par la Commission au Parlement. Des lois que ce Conseil (exécutif) applique si elles sont adoptées par le Conseil (législatif). Le Conseil possède donc ici une double casquette.

Selon le second alinéa le ministre représentant le gouvernement doit disposer d’un mandat l’autorisant à engager l’etat et voter les lois qui seront appliquées par celui-ci sans passer par l’adoption du parlement national. Le ministre est donc un législateur.

L’article 23 de la Constitution interdit tout mandat parlementaire. C’est-à-dire toute mixité des pouvoirs légilsatif et exécutif en conformité avec l’article 16 de la Déclaration des Droits de l’Homme et du Citoyen de 1789. 

L’article 54 de la Constitution dispose :
« Si le Conseil Constitutionnel a déclaré qu’un engagement international comporte une clause contraire à la Constitution l’autorisation de ratifier l’engagement international ne peut intervenir qu’après révision de la Constitution »

L’article 55 :
« Les traités régulièrement ratifiés ont dès leur publication une autorité supérieure à celle des lois. »
   
Les traités de Maastricht, Amsterdam et Lisbonne, ne sont pas conformes à la séparation des pouvoirs pour ce qui concerne le Conseil . En conséquence il est nécessaire pour qu’ils puissent être constitutionnellement ratifiés de modifier la Constitution et de supprimer la séparation des pouvoirs , fondement de la démocratie à la Francaise. Hélas ceci n’est pas possible avec le texte fondateur de la Vème république en raison du verrou de l’alinéa 5 de l’article 89.

En conséquence, les ratifications sont irrégulières que cela vous plaise ou non et que l’Union Européenne soit ou ne soit pas pareille. La ratification d’un traité est d’abord l’affaire d’un Etat et la hiérarchie des normes constitutionnelles place la Constitution, acte émanent du peuple souverain, au dessus de toute loi votée par ses représentants ( de nombreuses décisions du Conseil Constitutionnel le rappellent).

Ensuite, je vous retourne votre question : pourquoi voudriez-vous une Europe sur le modèle de la fédération allemande ?

En supplément le fonctionnement des institutions de l’U.E n’est pas conforme à ce modèle fédéral, il se contente de l’adapter.
Si les gouvernements des Länder constituent le Bundesrat, celui-ci a une fonction exclusivement législative comme vous semblez le croire du Conseil de l’U.E. Ce qui, vous le constatez à l’alinéa 1 de l’article 9C du traité de Lisbonne qui reprend les précédents , n’est pas le cas du Conseil qui gouverne puisqu’il définit les politiques de l’union.

Vous connaissez semble-t-il relativement le modèle allemand où le niveau fédéral est distinct du Land, chacun ayant leurs compétences propres. Ce qui induit votre sentiment en erreur. Car vous ignorez la différence entre le schéma allemand qui cultive cette subtile « séparation des pouvoirs » en introduisant les 2 niveaux évoqués et l’application européenne qui fait du Conseil une institution dotée des pouvoirs législatif et exécutif. Clause tout à fait contraire à notre Constitution et à la loi fondamentale allemande qui fait de la séparation de pouvoirs la condition sine qua non de la démocratie. D’une bien curieuse manière il est vrai, puisque les membres du Gouvernement fédéral s’ils possèdent un mandat législatif peuvent voter les lois fédérales qu’ils proposent. alors que les constitutions des länder qu’il ma été données de consulter ne permettent pas aux gouvernants issus de l’élection législative de leur land de le faire dans le cadre de celui-ci .  

La Commission, que je n’oublie pas, ne détermine aucune politique elle exécute, tel un cabinet ministériel, les décisions du Conseil, véritable gouvernement de l’U.E. Elle veille à leur bonne exécution, leur application et leur respect dans les Etats membres.