La dictature des tests
Il y a presque un an le gouvernement nous annonçait qu’il était inutile de tester les gens pour savoir s’ils portaient le coronavirus, et qu’il ne fallait absolument pas le faire. Le médecins ou universitaires qui s’y risquaient étaient catalogués comme étant des fous ou pire, des complotistes. Le gouvernement conseillé par son célèbre Conseil Scientifique a depuis complètement retourné sa veste et impose des tests dans tous les sens. Ce qui n’a pas changé, c’est que ce n’est toujours pas pour soigner les gens, mais pour justifier des mesures politiques et sanitaires extrêmement restrictives, comme le confinement. Il ne s’agit donc pas de soin individuel, mais de mesures sanitaires générales. Dans cette vidéo, on va revenir sur ce qu’est un test. On va voir qu’un test, ce n’est jamais tout blanc ou tout noir, cela ne permet jamais d’avoir la certitude qu’une personne est saine ou malade. Un test est juste un indice qui fait partie de l’ensemble du diagnostic. Regarder uniquement le résultat d’un test RT-PCR ne permet pas de savoir si une personne est malade ou non, ni même de savoir si une personne est contagieuse ou non. Sachant cela, on verra qu’il est impossible de se servir des résultats de tests RT-PCR pour savoir ce qu’il se passe dans le pays. Au mieux, ça donne une petite idée des tendances. Dans tous les cas, baser les décisions de mesures aussi radicales que le confinement là-dessus, c’est soit une incompréhension totale de ce chiffre, soit une excuse bidon. Les tests sont un élément pour mieux soigner individuellement les gens. S’en servir de socle pour un politique générale, c’est stupide et dangereux.
Lien vesr la vidéo : https://youtu.be/WNPpqoe2JOo
Qu’est-ce qu’un test RT-PCR ?
Tout d’abord revenons sur ce qu’est un test RT-PCR pour avoir bien en tête les différentes étapes et les incertitudes de la méthode.
Etape 1 : le prélèvement
Tout d’abord, pour faire un test RT- PCR, il faut faire un prélèvement.
Pour ça on enfonce un tampon nasal tout au fond de la narine. La qualité du prélèvement est déjà déterminante pour le résultat du test.
Autant on peut se dire que des prélèvements réalisés par des professionnels, en laboratoire, dans des conditions de travail correctes, seront en écrasante majorité, très bons.
Autant on peut se dire que des tests réalisés à très grande échelle, dans des chapiteaux, avec des centaines de personnes qui font la queue, souvent stressées et pas toujours de très bonne humeur, il y a des chances pour avoir quelques ratés.
On peut par exemple ne pas aller assez loin dans la narine, en particulier quand on a en face de soi un enfant qui va globalement très bien, avec aucune personne malade dans sa famille, et qui hurle de douleur. Un tel prélèvement risque de donner un test négatif sans rien prouver.
On sait au contraire, qu’il existe des contaminations lors du traitement du prélèvement dans le laboratoire, notamment dans des périodes où énormément de prélèvements sont manipulés.
Même avec les meilleurs professionnels du monde et les meilleures conditions, on sait qu’on n’atteint jamais une qualité à 100%, alors en conditions dégradées c’est à chacun d’imaginer la qualité finale. C’est forcément très différent d’un pays à l’autre, d’une région à l’autre, d’un laboratoire à l’autre et d’un moment à l’autre.
A ce stade, on a un prélèvement, dans un tube, qui contient de l’ARN et l’ADN de la personne, ainsi que de l’ARN et de l’ADN de tous les micro-organismes vivants ou morts qui se trouvaient dans la narine du patient.
Pour mémoire l’ADN est formé de deux brins enroulés l’un autour de l’autre et formant une double hélice. L'ADN contient toute votre information génétique, que l’on appelle le génome.
L'ARN est une copie d'une région de l'un des brins de l'ADN. Il n’a, le plus souvent, qu’un seul brin et se balade dans les cellules pour remplir différentes fonctions. Le mécanisme de création d’ARN à partir d’ADN s’appelle la transcription.
Le but du test PCR, va être de déterminer si, dans ce prélèvement, se trouve de l’ARN de coronavirus.
Etape 2 : préparer les éléments nécessaires au test RT-PCR
La première étape réalisée en laboratoire s’appelle la rétrotranscriptase. Il s’agit de synthétiser l’ADN de coronavirus à partir le l’ARN que l’on a récupéré.
Une fois que l’on a recréé de l’ADN à partir de l’ARN, on va pouvoir lancer le test : La Real-Time PCR.
A cette étape, il va s’agir de démultiplier le nombre de fragments d’ADN de coronavirus tout en les détectant. Tout cela sans multiplier les autres fragments d’ADN qui sont dans le tube à essai (pour mémoire les autres virus, les bactéries ou l’ADN du patient). Pour les démultiplier, les laboratoires commencent par construire ce qu’on appelle une amorce, ou plutôt 2 amorces.
En effet, l’ADN est formé de deux brins différents complémentaires. Lors de la PCR, il va falloir démultiplier les 2 brins. Il faut donc une amorce pour chaque brin. Plus précisément, on ne démultiplie pas chaque brin en entier, mais uniquement un morceau.
Il faut donc créer les bonnes amorces permettant l’amplification du coronavirus, et uniquement du coronavirus. Les chercheurs commencent par analyser le génome du coronavirus, grâce aux banques mondiales de données en ligne sur les génomes. Ils cherchent un morceau de génome qui soit à la fois bien spécifique au coronavirus pour ne pas le confondre avec autre chose, mais qui soit aussi suffisamment stable pour continuer à détecter le coronavirus, même quand il a subi une petite mutation.
Déjà à ce stade, quasiment tous les labos font des choix différents. Tous écrivent et justifient leurs choix, mais tous prennent un morceau différent. Fatalement, statistiquement, avec des choix différents d’amorces, vous obtenez des résultats différents de tests. Sur un même échantillon, vous pouvez avoir certains choix qui amèneront plus de positifs, plus de négatifs, ou la même proportion mais sans forcément que les échantillons positifs et négatifs soient les mêmes. Cela ne signifie pas qu’un choix est meilleur qu’un autre, cela signifie qu’il faut savoir interpréter les résultats. Les résultats dépendront des bouts d’ARN sur lesquels on tombera finalement lors des prélèvements.
Un fois qu’on a choisi nos 2 amorces, on en produit plein, de façon à avoir énormément de produit réactif.
Ensuite, on va enfin pouvoir démarrer la RT-PCR
Etape 3 : le test RT-PCR
La RT-PCR est un test qui nécessite plusieurs cycles, c’est-à-dire qu’on va répéter le même processus un certain nombre de fois. L’enjeu est de lancer une réaction en chaîne et de savoir à quel cycle, est lancée à plein régime cette réaction en chaîne.
Notre ADN est formé d’une partie noire qui ne nous intéresse pas, et de la partie formée du brin jaune et du brin violet. C’est cette partie que l’on souhaite détecter et compter.
On commence par chauffer notre mixture, qui contient nos amorces et notre échantillon que l’on souhaite analyser, à 95° pour séparer les 2 brins d’ADN.
L’ADN est séparé en 2 par chauffage (1).
Ensuite on place l’ensemble à 72°, ce qui va permettre aux amorces de se fixer à un brin qui leur correspond (2). L’amorce violette se place donc à un bout du brin jaune et le brin d’ADN complémentaire va être synthétisé vers la gauche. L’amorce jaune se place donc sur le brin violet et se développe vers la droite. On obtient 2 morceaux d’ADN reconstitués alors que l’on en avait qu’un au départ (3).
Il suffit ensuite de répéter l’opération avec un chauffage pour séparer les brins d’ADN, et un refroidissement pour permettre aux amorces de se fixer aux brins opposés et de se développer. On obtient alors 4 morceaux d’ADN à la fin du 2e cycle.
Le 3e cycle permet d’en avoir 8, le 4e 16, puis 32, 64, 128 etc. En 17 cycles, on dépasse 100 000 brins d’ADN alors que l’on en avait qu’un seul au départ. Cette réaction est ce que l’on appelle exponentielle. Chaque cycle amène 2 fois plus de réactions que le précédent.
Dans la vraie vie cependant, une exponentielle ne dure jamais longtemps. Ici, la réaction continue d’être exponentielle tant qu’il reste suffisamment des « ingrédients » de départ. Dès que l’on commence à épuiser le stock, la réaction ralentit, on passe alors en phase transitoire jusqu’à rentrer en phase stationnaire.
Voilà le principe, mais à ce stade on n’a encore rien compté. On a démultiplié de l’ADN de coronavirus, grâce à une réaction en chaîne, mais il faut compter ces brins. La technique moderne pour compter les brins d’ADN se fait tout au long de la multiplication des brins et s’appelle la RT-PCR pour Real-Time PCR.
Le principe est de mettre dans notre mixture ce qu’on appelle une sonde. Cette substance va émettre de la lumière de fluorescence à chaque fois qu’un nouveau brin d’ADN est synthétisé.
Plus on a de brins d’ADN qui se synthétisent en même temps, plus la lumière sera intense. Puisque l’on a mis des amorces spécifiques au coronavirus, plus on a d’ADN, plus cela veut dire que l’on détecte de l’ADN de coronavirus qui provient de l’ARN du coronavirus de notre échantillon.
Lorsque l’on lance la réaction PCR dans la machine, elle va faire tout le travail que l’on vient de dire plus haut et elle va donner ensuite 2 résultats : une courbe et un chiffre.
Les résultats de la RT-PCR
La courbe représente l’intensité lumineuse que la machine a observé en fonction du cycle. Au début on a très peu de ADN et la machine ne détecte quasiment pas de fluorescence. Ensuite au fur et à mesure des cycles, la luminosité augmente beaucoup puisque la quantité d’ADN est doublée à chaque cycle. Lorsque l’on commence à manquer des « ingrédients » permettant la réaction, la luminosité n’augmente plus beaucoup et se stabilise.
Le chiffre que donne la machine c’est le nombre de cycle qu’il a fallu avant que la fluorescence ne commence à ralentir, autrement dit avant que la mécanique de reproduction de l’ADN ne commence à ralentir. Très exactement c’est le point d’inflexion de la courbe
Sur notre exemple, la machine dirait 18 cycles.
Commençons par détailler le résultat du chiffre.
Il faut savoir qu’une réaction en chaîne de PCR finit très souvent par démarrer, même avec très peu d’ARN de coronavirus au départ.
Il faut donc mettre une limite à ne pas dépasser sinon on va mettre presque tout le monde en positif.
Ici, sur un virus relativement nouveau, il n’y avait pas beaucoup de littérature pour savoir quel chiffre choisir. L’IHU de Marseille a sorti un article scientifique le 27 avril 2020 pour expliquer leur choix. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7185831/
En parallèle de la RT-PCR, ils ont mis en culture les résultats des prélèvements, pour savoir si ces prélèvements contenaient suffisamment de virus pour pouvoir être infectieux. Le résultat est qu’un PCR qui donne un résultat au-dessus de 34, donc dont la phase exponentielle ralenti après le 34 cycle correspond à une mise en culture qui ne s’est jamais développé dans leur échantillon. Puisque l’IHU n’avait que 183 cultures de tests positifs, ils sont restés prudent et ont évalué grâce à une courbe de régression que vous voyez en pointillés, un nombre de cultures positives en fonction du nombre de cycles. L’IHU de Marseille a donc considéré que 35 est la limite pour dire positif car au-delà de 35, on est sûr d’avoir moins de 10% de cultures qui démarrent.
Cela veut dire que si votre chiffre RT- PCR c’est 35, c’est que vous n’avez que 10% de chance d’avoir des virus vivants et transmissibles. Si votre chiffre c’est moins de 35 alors vous avez une probabilité plus grande que 10% et si c’est plus de 35, vous avez une probabilité plus petite que 10%.
Déjà, si votre chiffre est plus grand que 30, vous avez moins d’une chance sur 2 d’avoir des virus vivants et transmissibles
Ce chiffre de 35 choisi par l’IHU de Marseille compte déjà beaucoup de monde en positif. Ce choix est donc très prudent, pour n’oublier personne. Choisir 35 c’est déjà être sûr d’avoir un certain nombre de faux positifs, mais certains labos peuvent avoir décidé d’autres chiffres encore plus grands qui donneront encore plus de faux positifs.
Pour enfoncer le clou sur les différences, passons à la forme de la courbe.
Parfois la machine vous rend un chiffre bas ici dans l’exemple fictif on a 7, mais on voit en regardant la courbe que la réaction chimique n’a pas fonctionné. On a un début de réaction qui n’avance pas. Si c’est une personne qui analyse la courbe qui est responsable du test, elle décidera que c’est un test non concluant. Si la stratégie du labo, c’est de décider à la chaîne et qu’on ne regarde que le chiffre, on dira test positif.
A l’inverse, on peut tomber sur une courbe parfaite, mais qui démarre tard.
Dans cet exemple, l’analyse de la courbe nous dit qu’il vaut peut-être mieux lancer un deuxième test car il est possible qu’on ait eu un problème en début de réaction. Si on ne regarde que le chiffre, on conclut sur un test négatif.
Donc le chiffre du nombre de cycles à regarder et la tête de la courbe sont tous les 2 sujets à discussions et à interprétations.
Dans tous les cas, un test qui remonte positif on l’a vu, cela ne donne qu’une probabilité d’être infecté du coronavirus. Cette probabilité est plus forte avec un test positif qu’avec un test négatif. Avoir un test positif, cela ne signifie pas forcément être malade ou capable de le transmettre.
Le résultat positif du test doit faire partie d’un diagnostic complet pour avoir du sens, sinon on dit souvent des bêtises et ça peut amener à la catastrophe.
La précision d’un test : sensibilité et spécificité
Le test a une certaine sensibilité. La sensibilité d’un test c’est sa capacité à détecter les malades. Par exemple un test qui est positif tout le temps, est parfaitement sensible. On est sûr de trouver tous les malades puisqu’on met tout le monde dedans. Ça ne sert pas à grand-chose.
Il faut aussi que le test ait une certaine spécificité, c’est-à-dire qu’il ne donne du positif que quand la personne est vraiment malade.
Par exemple pour le VIH on effectue 2 tests.
Le premier est hyper-sensible : plus de personnes vont être positives au test que celles qui sont réellement infectées par le virus. Si vous sortez négatif du premier test, vous pouvez être sûr que vous ne l’avez pas. Ensuite, avec les positifs, on effectue un test plus spécifique de façon à ne garder que ceux dont on détecte vraiment des traces de VIH.
Ces deux tests doivent s’effectuer dans un diagnostic complet. Si on s’amusait à faire un test VIH tous les jours sur toute la population, on trouverait en positif des personnes vierges, qui n’ont jamais eu de transfusion, ni partagé de seringue. Il faudrait être complètement fou pour faire démarrer une trithérapie à ces gens sans faire un contrôle poussé piloté par un médecin.
A l’inverse, si une personne a des rapports non protégés tous les jours avec de nouvelles personnes, se drogue et est couverte de tatouages, elle a beau présenter un bilan sanguin nickel, il vaut mieux éviter d’être trop confiant.
Vous pouvez aussi le constater quand vous faites un test d’allergie aux anti-inflammatoires chez votre généraliste. Votre généraliste n’a pas très envie de déclencher chez vous un œdème de Quincke dans son cabinet. Son but ce n’est pas de vous voir mourir pour ensuite conclure « ah oui, il était bien allergique ». Il utilise donc un test soft, qui déclenchera chez vous une micro-réaction si vous êtes hyper allergique. Si le test est négatif, vous êtes probablement allergique quand même, mais il faut faire un autre test à l’hôpital pour plus de sécurité. Ce test est hyper spécifique. Là encore, vouloir tester toute la population pour ne trouver personne d’allergique avec ce test et faire croire aux gens qu’il n’y a aucun risque, ce serait débile.
Selon la stratégie que l’on veut mettre en place, on va donc choisir, soit un test sensible, soit un test spécifique. Dans le cas du coronavirus, les tests proposés sont très sensibles car la stratégie est de prévenir la pandémie. On aura donc un tout petit peu de faux-négatifs (des personnes malades dont le test est négatif), mais plein de faux-positifs (des personnes non- malades dont le test est positif).
Si on récapitule, le test dépend :
1- De la qualité du prélèvement
2- De l’amorce choisie
3- De la machine à PCR
4- Du choix du nombre de cycles qui détermine la positivité
5- De la qualité de l’interprétation des résultats
6- Et bien évidemment, du nombre de virus que vous avez dans le nez, mais ce n’est qu’un des nombreux paramètres qui rentrent en ligne de compte.
Tous les paramètres jouent dans le résultat final. Rappelons encore que le résultat final de ce test n’est qu’une probabilité d’infection qui doit s’inscrire dans un diagnostic complet, pour chaque personne.
La folie de faire des cas particuliers, une généralité.
Nous avons vu que tous les tests RT-PCR sont réalisés de manière hétérogène avec nécessairement des résultats hétérogènes. Donc décider d’une politique globale qui doit s’appliquer à tous en additionnant des résultats de tests, c’est juste de la folie. Les tests n’ont pas été conçus pour ça est en faire cette utilisation, c’est un dévoiement très grave de la science et de la médecine. C’est complètement irresponsable.
En plus de tout ce qu’on vient de relever qui fait qu’un test ne donne pas une certitude, il y a des éléments encore pires qui font qu’on ne peut pas du tout déduire le nombre de personnes infectées dans la population en se basant sur le résultat des tests. On ne peut juste pas additionner ces résultats de tests.
- Les tests ne sont pas du tout réalisés tous les jours sur toute la population. A partir du moment où on commence à trouver des personnes positives, on en a fait un peu plus tous les jours. Fatalement plus on fait de test, plus on trouve de cas positifs et de faux positifs.
- En plus du nombre, la stratégie des tests a aussi évolué. Au début, en mars-avril on ne testait que les personnes pour qui on avait des soupçons. Donc on trouvait un taux de positivité bien plus élevé que la réalité dans la population, puisqu’on ne testait que ceux dont on pensait déjà qu’ils étaient positifs. Ensuite l’été en choisissant de tester tout le monde après l’épidémie, on a trouvé beaucoup de négatifs et les positifs étaient certainement pour beaucoup des de faux positifs. En septembre, nous avons eu une pénurie de tests et la stratégie est redevenue ciblée donc ne reflétant pas la population totale. Cet hiver tout le monde a pu se faire tester, donnant l’impression d’une chute du taux de positivité, alors qu’il s’agissait juste d’un changement de stratégie.
- La technologie de test n’est pas non plus la même partout. On en a parlé, les choix faits par les labos font que sommer leurs résultats ça n’a pas de sens. Il ne s’agit pas des mêmes tests.
- En plus de la technologie, on l’a vu aussi, les méthodes d’interprétation des tests ne sont pas les mêmes partout et ont pu changer au cours du temps, notamment avec des préconisations du nombre de cycles. Non seulement on ne peut rien additionner proprement, mais on ne peut même pas comparer les nouveaux résultats aux anciens.
- Même au sein du même pays, tous ces paramètres sont différents selon les régions, avec les ARS qui interviennent et les labos de manière plus ou moins marqué selon les choix personnels de chefs et la pression politique.
Donc, rien qu’au niveau France, prendre des décisions aussi graves basés sur des chiffres qui sont une somme de trucs qui partent dans tous les sens, en espérant qu’ils ont un vague rapport avec la réalité c’est dévoyer la science. Toutes les études internationales qui prétendent montrer des choses à partir de ces données, sont de la propagande politique. Les tests sont un élément de diagnostic individuel et n’ont jamais été conçus pour faire des statistiques de propagation de maladies. Les tests ne peuvent pas servir de base statistique. C’est trop hétérogène et sujet à interprétation. Au mieux, on en tire des grandes tendances quand on suppose que toutes les erreurs sont à peu près les mêmes au cours du temps. C’est pour cela et uniquement pour cela que les résultats ont été agrégés.
Ce que nous vivons c’est une prise de contrôle du soin par des gens qui pensent qu’il est plus efficace de décider pour tout le monde la même chose en s’appuyant sur des statistiques, plutôt que de permettre aux médecins de soigner les gens. Ils empêchent le soin et imposent leur loi en justifiant leurs décisions sur des chiffres qui sont sortis de leur contexte et de leur rôle.
Vous remarquerez que cette destruction du rôle du médecin pour le remplacer par un choix basé sur des chiffres, c’est la même logique que la destruction du métier de prof pour le remplacer par un perroquet qui passera aux élèves les cours du ministère sur leurs tablettes. C’est aussi la même logique qu’ont vécu les banques en remplaçant le métier de banquier qui investit dans des projets réels, par des algorithmes qui maximisent la rentabilité. Cela fait des dizaines d’années que les petits projets n’ont plus le soutien des banques. C’est le même principe qui a fait supprimer tous les bureaux de poste ou les guichets de gare ou les services d’accueil de l’administration pour remplacer tous les gens par une page internet.
Cette logique, c’est la déshumanisation de la société au profit de quelques-uns. Remplacer les enseignants par des logiciels, les médecins par des algorithmes et des médicaments, les personnes aux guichets par des sites web, ça permet à ceux qui détiennent le capital de gagner toujours plus, tout en distribuant toujours moins à ceux qui faisaient le boulot. Ça enrichit les plus riches, appauvrit les plus pauvres et détruit la société. Il serait peut-être temps de changer de modèle de société avant d’en arriver à une situation où les interactions entre humains n’existeront plus. Une situation où plus personne ne se fait confiance. Une situation où les gens restent chez eux parce qu’ils ont peur de sortir. Une situation où il est même considéré comme dangereux de se rassembler. Une situation où on n’échange même plus un sourire avec les personnes que l’on croise. Une situation où on n’embrasse même plus ses proches. Oups.
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