Les documents de la CIA indiquent que Mboya était un important agent d’influence pour le compte de la CIA, non seulement au Kenya mais dans toute l’Afrique. D’après un rapport hebdomadaire secret de la CIA (CIA Current Intelligence Weekly Summary) en date du 19 novembre 1959, Mboya était chargé de surveiller les extrémistes lors de la deuxième Conférence panafricaine de Tunis (All-Africa People’s Conference, AAPC). Le document rapporte que « de sérieuses frictions [s’étaient] développées entre le Premier ministre du Ghana, Kwame Nkrumah, et le nationaliste kenyan Tom Mboya qui [avait] activement participé en décembre [1958] à la surveillance des extrémistes lors de la première Conférence panafricaine à Accra. » Les termes « activement participé » semblent indiquer que Mboya coopérait avec la CIA, dont le rapport fut établi par ses agents sur le terrain à Accra et à Tunis. C’est pendant cette période de « collaboration » avec la CIA à Accra et à Tunis que Mboya alloua à Obama senior une bourse d’études et lui offrit la possibilité de s’expatrier et d’entrer à l’Université de Hawaii, où il rencontra et épousa la mère de l’actuel président des États-Unis.

Dans un rapport hebdomadaire secret de la CIA plus ancien, daté du 3 avril 1958, apparaissent ces mots : « [Mboya] reste l’un des dirigeants africains les plus prometteurs. » La CIA, dans un autre rapport hebdomadaire secret, daté du 18 décembre 1958, qualifie le nationaliste kenyan MBoya de « jeune porte-parole capable et dynamique » lors de sa participation aux débats de la Conférence panafricaine ; il fut perçu comme un opposant aux « extrémistes » tels que Nkrumah, soutenu par « les représentants sino-soviétiques. »

Dans un document de la CIA déclassifié sur la Conférence panafricaine de 1961, le conservatisme de Mboya, à l’instar de celui du Tunisien Taleb Slim, est clairement défini comme le contrepoids à la politique de gauche du clan Nkrumah. Les procommunistes avaient été élus à la tête du comité organisateur de la Conférence panafricaine lors de la conférence du Caire en 1961, à laquelle assista Mboya. Dans le rapport de la CIA, le nom de plusieurs de ces dirigeants sont cités : celui du Sénégalais Abdoulaye Diallo, le Secrétaire général de la Conférence panafricaine, de l’Algérien Ahmed Bourmendjel, de l’Angolais Mario de Andrade, de Ntau Mokhele du Basutoland (ex-Lesotho), du Camerounais Kingue Abel, d’Antoine Kiwewa du Congo belge (l’actuelle RDC), du Ghanéen Kojo Botsio, du Guinéen Ismail Touré, de T. O. Dosomu Johnson du Liberia, du Malien Modibo Diallo, du Marocain Mahjoub Ben Seddik, de Djibo Bakari du Niger, de Tunji Otegbeya du Nigeria, de Kanyama Chiume du Nyassaland, du Somalien Ali Abdullahi, du Sud-Africain Tennyson Makiwane, et de Mohamed Fouad Galal des Émirats arabes unis.

Les seuls participants ayant reçu l’approbation de la CIA furent Mboya (dont tout porte à croire qu’il était un indicateur de la CIA), Joshua Nkomo, originaire de Rhodésie du Sud, B. Munanka du Tanganyika, le Tunisien Abdel Magid Shaker et l’Ougandais John Kakongé.

Nkrumah sera finalement limogé en 1966, après un coup d’État militaire organisé par la CIA, alors qu’il effectuait une visite d’État en Chine et au Nord-Viêt-Nam. Cette opération fut mise en œuvre un an après celle que l’Agence mena contre le président Sukarno, autre coup d’État militaire dans lequel la famille maternelle d’Obama joua un rôle. Certains éléments donnent à penser que l’assassinat de Mboya en 1969 fut organisé par des agents chinois agissant pour le compte des factions gouvernementales chargées par le président kenyan, Jomo Kenyatta, de lutter contre Mboya et par là même, d’éliminer un homme politique africain pro-états-unien de premier plan. Toutes les ambassades de Nairobi avaient mis leurs drapeaux en berne en hommage à Mboya, sauf une, celle de la République populaire de Chine.

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L’influence qu’exerça Mboya sur le régime de Kenyatta se prolongera longtemps après sa mort, quand Obama senior était toujours en vie. En 1975, Josiah Kariuki, un socialiste membre du parti KANU (parti dont il aida à la mise en place avec Mboya et Obama senior) était assassiné. Après ce meurtre, Kenyatta renvoya du gouvernement trois ministres insoumis qui « étaient liés personnellement soit à Kariuki, soit à Mboya. » Cette information fut d’abord classée secrète (niveau de classification Umbra) ; elle apparait dans plusieurs notes de service de la CIA au Moyen-Orient, en Afrique et en Afrique du Sud. Elle fut par la suite diffusée sur le réseau COMINT le 24 juin 1975. Les renseignements figurant dans ce rapport, comme le montre son niveau de classification, proviennent d’écoutes effectuées par le ministère de l’Intérieur kenyan. Personne n’a jamais été accusé du meurtre de Kariuki.

La mise sur écoute des associés de Mboya et de Kariuki est une preuve que la NSA et la CIA maintinrent leur surveillance sur Barack Obama senior ; un individu, en sa qualité de ressortissant étranger aux États-Unis, qui était susceptible d’être soumis occasionnellement à la mise sur écoute légale, dont se chargent la NSA et le Government Communications Headquarters (GCHQ, le service de renseignement électronique du gouvernement britannique).