Bonjour, Crab2.
Esther Benbassa est elle-même athée. On ne peut donc la suspecter de vouloir ignorer ce que vous appelez le « fait athée ».
A vrai dire, je suis très dubitatif sur sa démarche. A mon avis, ce qui existe, autrement dit l’approche des questions religieuses dans les différentes matières (histoire, géographie et littérature) lorsque le sujet s’impose naturellement est amplement suffisant.