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Bernard Dugué Bernard Dugué 31 octobre 2020 11:59

Bonjour cher confrère

https://www.agoravox.fr/actualites/technologies/article/l-origine-plausible-du-sars-cov-2-223529

Un aricle récent a comparé les deux SARS responsables des épidémies de 2003 et 2020 (S. Srinivasan, 2020). Les auteurs ont placé le projecteur sur les séquences conservées. Pour mon analyse, je vais faire l’inverse. Les différences les plus importantes concernent le domaine wNsp3 et le domaine S. Les auteurs ont constaté la présence de quatre insertions spécifiques au SARS-CoV-2, absentes sur SARS-1. Ce qui signifie que le nouveau virus utilise d’autres codes. Ces quatre insertions sont absentes de coronavirus proches isolés de chauve-souris en 2015 et 2017 ; en revanche, un virus de chauve-souris isolé en 2013 contient ces quatre insertions. Le SARS-CoV-2 pourrait bien avoir « piqué » des codes déjà anciens. Ou alors avoir muté à partir de la souche de chauve-souris de 2013.

 Extrait de l’article de Srinivasan publié dans Viruses « Our search resulted in three new homologs of ORF8 not reported in UniProt that were originated from three different isolates of bat SARS-like coronavirus : bat-SL-CoVZC45 (GenBank ID : MG772933, collected in 2017), bat-SL-CoVZXC21 (GenBank ID : MG772934, collected in 2015), and RaTG13 (GenBank ID : MN996532, collected in 2013). The protein sequences from these isolates shared a striking similarity with wORF8, unseen in other strains before : the sequence identities between each of these three homologs and wORF8 ranged between 94% and 95%. Further analysis showed that the proteomes of these isolates shared even higher sequence identity with the other proteins of SARS-CoV-2 : from 88.4% to 100% for 2015 and 2017 isolates, and even higher, 97.4%–100% for the 2013 isolate (Supplementary Table S1).

 In spite of the significant similarity of the three isolates to SARS-CoV-2, important differences were observed. First, similar to other viruses, the 2017 and 2015 isolates did not have the four sequence inserts that were found in wS. Second, neither of the two isolates had the large insert between the two domains of wNsp3 from wORF1ab described above. On the contrary, the 2013 isolate had both, the four sequence inserts in its surface protein, matching those in wS, and the large insert in Nsp3, although the sequence of the large insert is different from that one in wNsp3. »


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