En fait, j’imagine qu’il y a sans doute des deux. Les justifications culturelles sont nombreuses (s’allier durablement avec une autre famille par exemple et échange de technique et/ou de culture : pas besoin d’aller au bout du monde pour cela, qui n’a pas changé ses habitudes par rapport à ses parents en se mettant en couple ?)

Après, les espèces n’ayant pas pour « tradition » (notez les guillemets) de se reproduire par consanguinité ont toutes des systèmes pour l’éviter : chez certaines plantes les parties mâles et femelles sont séparés dans l’espace ou dans le temps(cas de la figue qui ne peut pas se polinniser toute seule et a besoin de la guêpe que je cite dans l’article pour sa reproduction), certaines plantes s’interdisent le pollen venant de plantes étroitement apparenté ou le leur (c’est même le sujet de mon stage cet été), et la plupart des animaux l’évitent par la dispersion, lorsque les jeunes quittent le groupe pour s’en aller au loin. Dans les animaux à structure sociale solide ce sont soit les mâles soit les femelles qui s’en vont rejoindre un autre groupe. Après comment on ne sait pas comment les bonobos ou les chimpanzés « justifient » dans leur tête le fait qu’ils ont ce comportement.

Ce qui est sûr c’est que pratiquer la consanguinité chez une espèce qui n’en a pas l’habitude est très dangereux car les allèles délétères (pas forcément aussi délétère que la mucoviscidose mais les petites choses qui n’empêchent pas de vivre mais qui à plusieurs ne sont pas bonnes pour la survie) se seront accumulées sans être éliminées au fur et à mesure et les probabilités d’être homozygote (deux allèles identiques pour un même gène, il n’y a pas de copie de secours fonctionnelle) en cas de consanguinité sont énormes, et en plus pour tous les gènes à la fois. Il y a donc tout intérêt à la réduire au maximum dans ces cas là.
A noter qu’avoir la preuve génétique d’une importante consanguinité en biologie de conservation des espèces est une preuve de la mauvaise santé de la population étudiée... Dans ces cas soit on fait venir des individus d’une autre population, soit ça veut dire que l’extinction n’est pas loin...