Par curiosité, je suis allé voir leur article, pourquoi ne pas passer un extrait de leur réponse aux critiques :

« A tel point que, dans nos instruments de gestion des flux du site, dès que nous voyons une croissance du nombre de liens entrants en provenance du site phare de la « fachosphère », Fdesouche.com (publicité gratuite), il nous suffit d’aller sur le papier « sensible » du jour, pour voir fleurir les commentaires racistes.

(...) journaliste chargée des questions de société à Rue89, participant à l’aventure de Rue89 depuis le début, fait un article qui est mis à jour dans la journée, comme c’est la pratique dès lors qu’une situation évolue, comme ce fut le cas ce jour-là.

Elle reprend les sons de France bleue locale qui donne la parole au plaignant et à l’un des confrères de l’ophtalmo dans le même cabinet, qui confortait l’accusation. Elle cite également une lettre du plaignant adressée au président de la République. Dans la journée, l’article évolue, pour inclure le démenti de l’ophtalmo, et le point de vue qu’elle a recueilli du conseil de l’ordre des médecins qui décidait d’ouvrir une enquête.

Très vite, toutefois, le témoin fait marche arrière. Le parquet décide de classer l’affaire avec une célérité exceptionnelle malgré la plainte de SOS Racisme, et cette affaire semble bel et bien destinée à terminer dans cette zone grise où, parole contre parole, on ne connaîtra jamais la vérité."
(…)
Au-delà de la question des attaques d’extrême droite : écrire le nom du médecin dans l’article sur l’affaire d’Aix était une erreur que nous assumons collectivement et qui n’est pas du fait de la journaliste ayant écrit l’article.

Nous avons utilisé des sources sonores radio qui citaient le cabinet et, maladroitement, nous avons pensé qu’il était préférable de ne pas incriminer les autres médecins du cabinet.

Le nom a été retiré au cours de la journée de Rue89, il ne l’a pas été des supports papiers (Le Parisien par exemple) et si vous faites une recherche Google, vous constaterez que ce n’est pas Rue89 qui sort en premier. »

Tel que je le lis, le point clé serait l’autre toubib qui aurait témoigné sur la radio locale (si c’est bien lui) puis se serait rétracté.