Il y eut des compte-rendus de crimes de guerre commis pendant et après le conflit. Des civiles, hommes, femmes, enfants de nationalités serbes, rom et albanais accusés de collaboration ont été torturés et tués dans des camps mis en place par L’UCK. L’UÇK est également accusée d’avoir intentionnellement provoqué des attaques contre des objectifs des forces irrégulières serbes, en choisissant d’attaquer depuis des villages, sachant que toute réplique provoquerait une mauvaise publicité pour les autorités ex-yougoslaves dans la presse internationale. A la fin de la guerre, plusieurs dirigeants de l’UÇK ont été inculpés pour crimes de guerre par le TPIY, dont certains pour crimes contre l’humanité (meurtres et enlèvements). En 2005 le « Premier Ministre » de l’époque et ancien commandant de l’UÇK Ramush Haradinaj a été inculpé de 3 chefs d’accusation pour crimes de guerre. Malgré tout il reste populaire chez les albanais du Kosovo. Il sera innocenté par ce même tribunal le 3 Avril 2008 à l’issue d’un an de procès. Le nombre exact de morts causé par l’UÇK n’est pas connu.

Durant l’été 1999, les serbes du Kosovo ont été victimes de trafic d’organes. Selon Mme Carla Del Ponte, des civils serbes, femmes et enfants compris, ont été capturés par l’Armée de Libération du Kosovo et auraient ainsi été envoyés à Burrel en Albanie ; l’UCK a profité du départ des forces serbes du Kosovo sous la pression de l’OTAN. Ils ont été maintenus captifs là-bas en attendant que des chirurgiens prélèvent leurs organes, qui étaient acheminés vers des cliniques à l’étranger (Turquie). Certains auraient été opérés plus d’une fois avant d’être tués.

• En mai 2008, l’organisation Human Rights Watch (HRW) réclame aux gouvernements d’Albanie et du Kosovo d’ouvrir « des enquêtes indépendantes et transparentes expliquant le sort de quelques 400 Serbes portés disparus » après la guerre de 1999, qui opposait l’UCK au régime de Belgrade.

• En juin 2008, Le Conseil de l’Europe a ouvert une enquête sur un trafic d’organes au Kosovo, le sénateur suisse Dick Marty sera chargé de cette enquête.