SARS-CoV-2, personnalité de l’année 2020 ! Qui es-tu, virus ?

 Le SARS-CoV-2 est la personnalité de l’année. Aucun humain ne peut lui contester cette place d’autant plus que tous les acteurs en vue de notre monde n’ont guère brillé.

 Aussi impensable que cela puisse être, une petite particule de matière composée d’un génome enveloppé avec une taille de 100 nanomètres a réussi à mettre à genoux toutes les nations du monde, y compris la superpuissance américaine et tous les pays disposant d’un système de santé parmi les plus performants. La science a révélé son impuissance mais n’a pas chômé, accumulant des milliers d’études publiées en accès libre dans les prestigieuses revues scientifiques. Nous savons dans les moindres détails comment le virus fonctionne, nous connaissons sa séquence, ses mutations, nous savons pourquoi il infecte les tissus et déclenche des formes graves de maladie, mais nous ne savons pas comment le combattre.

 1) Comment le SARS-CoV-2 entre dans les cellules. Le H-CoV de 2019 utilise comme la plupart des virus une protéine de surface permettant d’adhérer à la membrane hôte, puis de fusionner pour entrer dans le cytoplasme. Pour les coronavirus, c’est la protéine S qui est utilisée. C’est cette protéine qui est responsable de la contagiosité élevée du SARS-CoV-2 et de la gravité de l’infection pour une partie des infectés. Cette protéine contient deux codes d’entrée permettant de fusionner, un code trypsine et un code furine. Le code trypsine figure sur le SARS-CoV ayant causé les quelque 800 décès lors de l’épidémie de pneumonie en 2003. Ce code qui s’écrit lkptkrs figure sur les souches de la sous-famille sarbecovirus dont le réservoir inclut les chauves-souris et la civette palmée (d’ailleurs, des employés d’un restaurant chinois ont été contaminés en 2004 par un virus présent sur les civettes conservées dans des cages avant d’être sacrifiée pour le plaisir des gourmets).

 La protéine S du nouveau virus possède un code trypsine assez proche, skpskrs, retrouvé dans un réservoir incluant les pangolins et les chauves-souris (il a été retrouvé en Chine mais aussi au Japon). En plus, le SARS-CoV-2 possède un second code furine, absent sur le virus de 2003 et d’autres coronas. C’est ce code qui rend le virus plus contagieux car il étend considérablement le tropisme viral et donc sa multiplication. La présence de ce code a nourri nombre de spéculations sur un bricolage virologique suivi d’un accident de laboratoire. Pourtant, une origine naturelle semble plus plausible. Il est connu depuis plus de trente ans que les coronavirus ont une faculté de recombinaison liée entre autres à la transcription imbriquée produisant des ARN subgénomiques.

 Pour compléter ce volet virologique, il faut évoquer la protéine N de la nucléocapside, moins connue que S et pour cause, elle n’est pas ciblée par les vaccins. Cette protéine a la particularité d’être extrêmement conservée, plus que toute autre, au sein des souches occupant le réservoir des sarbecovirus. Plusieurs motifs peptidiques sont conservés à l’identique et se retrouvent sur une souche prélevée en 2020 sur un pangolin, ainsi que sur les souches RaTG13 et Rc-o319, prélevées en 2013 sur des chauves-souris, l’une en Chine, l’autre au Japon. Ce détail confirme la provenance animale du SARS-CoV-2, suivie d’une recombinaison on ne sait où ni comment. Cela dit, si un virologue avait voulu créer une souche virulente et transmissible, il aurait inséré le code furine dans la protéine S. Il est bien connu que ce code rend un agent hautement transmissible. Cela a été observé pour les hémagglutinines grippale H5 et H7.

 2) Comment la pathologie Covid-19 se développe. Une fois dans la cellule hôte, le virion se dissocie et son génome parvient aux ribosomes où il est traduit. Les protéines virales non structurales parviennent à hacker les codes cellulaires, à détourner les voies de signalisation, et c’est la reproduction des virions qui se met en route. Pendant ce temps, les récepteurs TLR détectent les protéines virales, déclenchent les alertes en activant les interférons I, II et III grâce à une signalisation par le facteur nucléaire kappa (NFκ-B). Ces signaux interférons se propagent par contigüité dans les tissus infectés afin d’alerter les cellules sur l’invasion virale. Dans le même temps, les mécanismes de l’immunité et de l’inflammation sont déclenchés selon la nécessité. Une course contre la montre est engagée, entre la propagation des virions et la riposte des cellules hôtes. Cette réaction nécessite la production de cytokines avec un réglage fin. Cet ajustement est réalisé par des protéines kinase de type JAK, désignées ainsi car elles produisent des effets salvateurs ou à l’inverse, dévastateurs. Le J de Janus. Dévastateurs comme dans les formes graves de Covid-19 dont on pense maintenant connaître l’origine moléculaire.

 Les protéines des deux SARS-CoV rendent inopérante la voie de signalisation STAT1, ce qui fait basculer le système vers l’autre voie, STAT3. Cette signalisation active les cascades de cytokines inflammatoires, ce qui produit alors les symptômes graves, proto-fibrose pulmonaire, micro-thromboses, coagulations, inflammation systémique, et notamment la lymphopénie causée par la reproduction des virions du SARS dans les cellules T. Il semble établi que deux protéines virales ont un effet désactivant sur STAT1, ce qui induit une hyperactivation de STAT3 qui en plus de déclencher les cytokines joue sur le facteur PAI-1, qui alors interfère avec la plasminogenèse dont le rôle est de détruire les micro-caillots sanguins.

 3) Le spectre clinique du Covid aggravé livre un profil qui pratiquement se superpose avec le profil des patients présentant une altération au niveau du PAI-1. Cette altération est liée à un état physiologique classique, celui d’une inflammation chronique à bas bruit qui n’empêche pas de vivre mais qui, dans le cas d’une infection virale, pose de graves problèmes. Cet état se retrouve dans l’obésité, le diabète de type 2 (dit gras et souvent lié à la mal bouffe), l’hypertension, les pathologies cardiovasculaires et surtout le grand âge. Les données cliniques indiquent que la proportion d’individus en surpoids (IMC >30) avoisine le tiers aux Etats-Unis, tourne entre 20 et 25 en Europe, alors qu’il est de 5 à 6 dans nombre de pays asiatiques et africains, Inde incluse et 3 pour le Japon.

 4) Nous savons presque tout sur le plan clinique et virologique mais... Un angle mort majeur persiste en épidémiologie. Aucune projection ne permet de prévoir la situation à moyen terme. Les seules anticipations couvrent une période comparable aux prévisions météo. La stratégie sanitaire n’est pas débattue. Il existe la voie de l’immunité collective qui ne s’oppose pas à la stratégie vaccinale. On ne peut pas stopper un virus comme le SARS-CoV-2 qui n’a rien de commun avec la variole ou le SARS de 2003. C’est comme si l’on voulait éradiquer les virus grippaux. Et dire qu’il y a des scientifiques sérieux qui visent cet objectif inatteignable et du reste non indispensable. Plus vite les jeunes et bien portants seront infectés, moins le virus aura de part de marché. Les asymptomatiques sont plus nombreux que les chiffres ne l’indiquent.

 5) C’est quoi un virus ? D’après Jean-Michel Claverie, un virus est ce qui transforme une cellule en usine à virion. C’est la meilleure définition que je connaisse. Le SARS-CoV-2 impose une seconde définition. Ce virus a transformé les sociétés en usines à Covid, pour reprendre un « bon mot » du PM Castex prononcé en évoquant les fêtes de Noël. L’usine à Covid fonctionnera aussi le soir du 31 décembre. L’épidémie de Covid a transformé les sociétés. Elle a favorisé l’émergence d’une sorte de barbarie, certes pas comme au temps du nazisme ou du stalinisme, mais une barbarie douce, atténuée au point d’être acceptée par une majorité de concitoyens en demande de confinements, restrictions, masques, pour une durée indéterminée. J’en connais qui accepteraient de porter le masque pendant des années. Je croise dans la rue des gosses de 6 à 10 ans portant le masque. Si ce n’est pas de la barbarie, qu’est-ce donc ? Le Covid a révélé qui nous sommes au fond. Porter des jugements de valeur n’apportera pas grand-chose vu que les gens ne savent plus ce que sont les valeurs. Nous assistons pour l’instant à un lent dépérissement de la civilisation

------------------

 C’est quoi un virus ? Nous ne savons pas trop en vérité ce que représente un virus dans le monde vivant, en sachant que toute entité possédant la capacité de se reproduire de manière autonome avec un génome et le métabolisme, est susceptible d’être infectée par un virus qui lui, ne peut pas se reproduire car il ne dispose ni de l’appareil métabolique qui produit les pièces détachées, ni le système moléculaire industriel qui fabrique les protéines. Tout au plus un virus possède une réplicase capable de copier son génome mais en utilisant les pièces détachées (nucléotides) de l’hôte, ainsi que son énergie efficiente (ATP). Les virus infectent les archea, les procaryotes et les eucaryotes ; comprenant les systèmes unicellulaires, les végétaux, champignons et animaux.

 Je crois que de grandes découvertes sont en vue en cette époque de ténèbres en attente d’être éclairée par des paradigmes nouveaux et qui sait, une étonnante version de la gravité quantique en relation avec l’intrication. Nous ignorons le pourquoi et le pour - quoi des virus parce que nos méthodes de pensée scientifique sont impuissantes. La science est un ensemble de savoirs accompagnés d’ignorance. Seules les révolutions savantes peuvent faire sortir les scientifiques de l’ignorance. Les données sont accessibles. Les grandes découvertes arrivent en voyant ce que tout le monde a en vue et en pensant ce que personne n’a osé penser disait à peu près Szent-Györgyi en 1957. Le 21^ème siècle sera celui de la pensée, sinon, il ne sera qu’un naufrage !