Les phases initiales de la Covid-19 expliquées par la phagothérapie et le microbiome

Déjà en 1915 lors d'études sur des enfants malades de la dyssentrie, Félix d'Hérelle découvre que des constituants séparés par filtration ultrafine des fèces d'enfants en voie de guérison, peuvent détruire les bacilles de la dyssentrie par des injections orales (après avoir vérifié la caractère non pathogène de ce filtrat en se l'injectant lui-même par voie orale) et obtint des guérisons rapides. En 1917, à l'Institut Pasteur, il formalise sa découverte des virus constituants de la phagothérapie, thérapie antibactérienne à l'aide de virus "bactériophages". Cette technologie biologique s'est développée jusqu'à la découvertte et la généralisation des antibiotiques. Elle est restée en vigueur dans les pays liés à l'URSS, surtout à Tbilissi en Géorgie, sous l'impulsion d'un stagiaire de Félix d'Hérelle, à savoir un géorgien du nom d' ELIEVA.

La phagothérapie

Des virus d'espèces bien spécifiques à une ou plusieurs espèces de bactéries, pénètrent dans la bactérie en y injectant son génome (ADN ou ARN). La bactérie utilise ses logiciels pour copier en de multiples exemplaires le génome ainsi introduit : les copies sont alors recouvertes d'une enveloppe et la bactérie en explosant diffuse de 50 jusqu'à 200 exemplaires du virus initial. Les copies vont alors après un déplacement relativement long (selon la densité des bactéries) infecter d'autres bactéries. Comme le temps moyen de réplique est d'environ 30 minutes la multiplication des virus et la destruction des bactéries est exponentielle.

Dans la nature, dans les cours d'eau plus ou moins infectés de bactéries (sorties d'égouts des villes)(le Gange très pollué par le vibrion du choléra) sont ainsi débarrassés des bactéries pathogènes par l'action des virus "phages" co-existant dans la milieu infecté.

Remarque : le cas général ci-dessus est dit "lytique" : il existe aussi des cas "lysogéniques" où le virus phage introduit reste dormant dans la bactérie et après un "stress" ou autre action dans la bactérie le cycle lytique de réplication/destruction se produit. Parfois la bactérie s'est lovée dormante dans une cellule comme pour la tuberculose et le phage ne sait pas y aller.

La phagothérapie s'est bornée à rechercher et isoler les différents"gentils" virus phagiques couplés à chaque bactérie pathogène pour l'homme et pour les animaux (parfois pour les plantes). Les biologistes n'ont pas étudié les actions des virus pathogènes pour l'homme et les animaux sur des bactéries pathogènes ou non pathogènes, car ce serait introduire une pathologie supplémentaire sur le receveur !

Les virus pathogènes tout comme les bactériophages se multiplient aussi principalement en infectant des bactéries et en s'y répliquant en grand nombre ! La réplication après l'infection d'une cellule est la base de la pathologie infectieuse symptomatique à virus. Cette réplication se fait assez souvent avec évacuation progressive de chaque copie réalisée, sans détruire la cellule ainsi malmenée.

Les virus dans la biosphère sont les régulateurs/prédateurs des bactéries depuis des milliards d'années. 

Le microbiome

Depuis environ une décennie les biologistes s'intéressent de plus en plus au "microbiote" ensemble des bactéries à l'intérieur du système digestif, dans les cavités buccales, vaginales, sur la peau et dans les parois humides ou à muqueuses. L'homme vit en symbiose avec environ 10 fois plus de bactéries (100 mille milliards) que de cellules humaines. Le nombre de différentes espèces peut dépasser les 1000 dans le tube digestif et 200 dans la bouche. La masse du microbiote intestinal est estimée à plus d'un kilo.

Sur la peau et les parois concernées un film (plus ou moins complet) de bactéries se forme en protection. On estime à quelques dizaines de milliards (répartis en 500 espèces) le nombre de bactéries recouvrant la peau ( plus d'un million par cm2). Certaines des bactéries recouvrant les parois et la peau peuvent être pathogènes, comme des traces de staphyloccoque doré sur la peau susceptible de provoquer un début d'infection dans la cas d'une coupure ou blessure.

Pour être plus exhaustif, il faut aussi prendre en compte les bactéries non spécifiquement pathogènes qui recouvrent les muqueuses des fosses nasales, du pharynx, du larynx, de la trachée, des bronches, bronchioles et alvéoles pulmonaires, soit l'ensemble du système respiratoire. L'estimation de la population bactérienne habituelle dans les voies respiratoires n'est pas connue ; cependant même si les bactéries ne recouvrent pas l'intégralité des surfaces par un film protecteur, il faut signaler que la surface développée des parois ou muqueuses en contact avec l'air varie de 75 à 150 m2 (selon les sources !) , superficie de beaucoup supérieure aux 2 m2 de surface de peau recouverte d'une couche de différentes bactéries. Le système respiratoire doit donc être probablement protégé (parfois infecté) par des milliers de millards de diverses bactéries !

Parfois on intègre dans le microbiome l'ensemble des virus en symbiose dans l'homme et sur la peau de l'homme, ensemble appelé "virobiome" qui comprendrait 5 à 10 fois plus d'individus que de bactéries ! Mais comme les virus sont 10 fois plus petits, donc possèdent une masse 1000 fois plus petite par individu, alors, même avec l'estimation d'un nombre total 10 fois supérieur à celui des bactéries, leur masse totale ne serait qu'environ 10 grammes dans le microbiote.

L'infection des voies respiratoires par le coronavirus  

L'infection va résulter de la mise en contact des virus avec les cellules du système respiratoire selon une définition couramment admise. Les virus d'environ 140 nm (0.14 micron) sont soit seuls à l'air libre, soit portés par une microgoutte d'eau, ou par une micro poussière, dont la dimension varie du micron à la dizaine de microns avec la possibilité de la présence de plusieurs virus sur un même support transporté par l'air inhalé. Seule une infime minorité des virus et/ou de leur supports sera captée par les cellules, ou le mucus, du système respiratoire. Pour le prouver il suffit de remarquer que les micro particules de brouillard ou issues des vaporettes (cigarettes électroniques) et les micro particules des fumées de cigarettes de tabac, sont massivement exhalées après avoir visiter les poumons. Dans ces cas de comparaison une forte absorption par les parois du système pulmonaire aboutirait très rapidement à une noyade (pour le brouillard) et à un remplissage/obstructtion des poumons par les particules des fumées (HAP et cendres). Heureusement ce n'est pas le cas !

Cependant on peut admettre que la quantité de virus adsorbés et collés sur les parois du système respiratoire est proportionnelle à la concentration (soit à la charge virale contenue dans l'atmosphère d'air inhalé).

Il parait évident ou admis que les coronavirus vont d'abord adhérer aux cellules des parois du système respiratoire, puis y pénétrer pour s'y faire répliquer, puis en sortir plus nombreuses après réplication et diffuser d'une part, dans l'air expiré devenu contaminant pour d'autres humains, et d'autre part dans des cellules voisines et dans le sang. Ces attaques contre les cellules avec détérioration/destruction sont détectées par les terminaisons nerveuses reliées au cerveau et déclencheuses de différentes douleurs localisées ou générales.

Déroulement réel de l'infection par le coronavvirus

En fait l'infection se fait en plusieurs phases :

-1- une phase où les virus se fixent au moins dans les cavités nasales et le pharynx, se logent contre les parois et se multiplient rapidement et en grand nombre. Avec l'expiration de l'air des poumons, avant l'apparition de la toux, des virus pathogènes et contagieux sont alors répandus dans le voisinage du contaminé. Pendant cette phase de quelques jours le contaminé n'a pas de symptômes l'informant de sa contamination. Par contre, avec un coton tige de prélèvement (test PCR), la présence du virus à l'entrée des voies respiratoires supérieures est détectée, que le contaminé reste toujours asymptomatique ou non. C'est aussi valable pour le nouveau test sur la salive.

-2- après plusieurs jours, certains contaminés deviennent des malades avec des symptômes typiques, tout en étant encore contagieux.

-3- puis la production massives de virus exhalés se réduit fortement au point de disparaître après 2 à 3 semaines ; mais les symptomes persistent (douleurs diverses, fièvre, insuffisance respiratoire, perte odorat et goût...).

-4- enfin c'est soit la guérison d'un malade affaibli, soit la mort !

Quelques explications explications sur les premières phases selon les retombées de la phagothérapie et du microbiome :

Si dans la phase -1- les virus attaquaient directement les cellules des parois des voies respiratoires, les terminaisons nerveuses, en particulier des cellules de l'odorat et du goût, en premières lignes, seraient déjà atteintes et dans tous les cas ces symptômes se révèleraient. Or ce n'est pas le cas, il y a seulement une production massive de répliques des virus infectants, sans la moindre action sur les terminaisons nerveuses des cellules. Cela signifie que les nombreuses bactéries du microbiome tapissant au moins le pharynx, les cavités nasales et la bouche sont les récepteurs favoris et prioritaires des coronavirus. Il se peut que toutes les bactéries présentes, (au moins 200 espèces) ne soient pas réceptrices mais seulement quelques espèces pour dupliquer massivement le coronavirus. Comme les autres composantes du système respiratoire abritent aussi un certain nombre de bactéries, il y a aussi une participation à la réplication massive du virus. Dans la phase d'intervention/interception des virus par les bactéries, ces dernières ne sont pas en contact direct avec les terminaisons nerveuses, seulement accrochées par les secrétions des cellules des parois, par du mucus : il n'y a donc pas de symptômes décelables pendant cette phase !

La disparition des bactéries explosées, rend le tapissage bactérien dégradé : dans les zones découvertes certains virus, multipliés en grand nombre, commencent alors à s'attaquer aux cellules respiratoires des alvéoles, des parois des bronches, bronchioles et trachées, du larynx, et surtout des cellules de l'odorat de la cavité nasale, et des cellules du goût de la cavité buccale. Ces cellules équipées de terminaisons nerveuses réagissent et signalent, par l'absence de réponses aux stimuli les dégradations de leur fonctions. Côté alvéoles pulmonaires la dégradation des cellules assurant les échanges de gaz O2/CO2 sont aussi dégradées avec des symptomes de sous oxygénation respiratoire, avec la possibilité d'applatissemnt des parois des alvéoles. Les terminaisons nerveuses dans ces zones informent le cerveau qui localise les douleurs et symptômes.

Pendant la phase -3- le système imunitaire entre en action avec les anticorps et les macrophages.

Pour la dernière phase de la maladie l'organisme doit évacuer les "déchets" de bactéries et cellules détruites, ainsi qu'un gand nombre de molécules de médicaments non utilisés, avec souvent un choc anaphylactique.

Pour les infectés dits totalement asymptomatiques, les biologistes retiennent deux explications : une très faible exposition en charge virale et/ou la présence rapide d'anticorps ou de leur production.

Conclusions

Les dernières découvertes et analyses sur la bactériophagie, la bactériothérapie, le microbiote, le microbiome et le virobiome, ne sont qu'en voies exploratoires, et méritent d'être développées en priorité, D'autant plus que les retombées sont aussi importantes dans d'autres sdomaines de la santé, de la microbiologie et de la santé.