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Accueil du site > Actualités > Technologies > 20C/501Y.V2 ; un variant sud-africain du SARS-CoV-2 ; plus contagieux ou (...)

20C/501Y.V2 ; un variant sud-africain du SARS-CoV-2 ; plus contagieux ou plus politique ?

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 Après le variant B.1.1.7 qui se propage dans le sud de l’Angleterre en inquiétant les autorités, c’est un autre variant, désigné par le nom de code B.1.351, qui inquiète les épidémiologistes car lui aussi serait censé être plus contagieux. Ce « variant » circule abondamment en Afrique du Sud. Il partage avec son homologue britannique une mutation N501Y dont le résultat est de remplacer une asparagine par une tyrosine. Cette mutation est suivie de près car elle porte sur le domaine de liaison (RBD, résidus 330 à 520) de la protéine S, mais sans qu’on ne puisse en déduire une facilité plus grande à pénétrer dans une cellule hôte. Tout au plus des études biochimiques peuvent indiquer une affinité accrue pour le récepteur ACE2 sans que cela n’impacte la contagiosité. De plus, cette mutation n’est pas isolée, le domaine RBD étant connu pour être variable. En fait, les mutations observées sur S se comptent en milliers et celles concernant RBD en centaines, la plupart étant enregistrées sur un, deux ou trois génomes séquencés et notés dans la banque de donnée Gisaid.

 

 Rien n’indique une relation entre une mutation et une contagiosité. Il suffit qu’un variant se propage à partir d’un foyer de contamination, puis diffuse dans une région ou dans le monde, pour que cette mutation devienne dominante. Ce fut le cas de la D614G dont la presse a beaucoup parlé et qui est couplée à la P323L. Plus de 200 000 séquences contenant ces deux mutations sont enregistrées. On les voit apparaître sur l’arbre phylogénétique publié sur le site Nextstrain géré par des scientifiques Suisses. Les mutations R203K et G204R sur la protéine N de la nucléocapside ont quelque 90 000 descendances et figurent sur le variant B.1.1.7. En revanche, il suffit qu’un variant n’affecte qu’un seul patient alors que la chaîne de contamination est interrompue pour que ce variant ne circule plus. C’est le cas pour la majorité des variants.

 

 Le variant sud-africain B.1.351, signalé comme 20C/501Y.V2 sur Nextstrain, compte 15 mutations génétiques produisant plus de 10 substitutions d’acides aminés, dont trois sont apparues simultanément sur la protéine S (215, 484, 501). Quelque 215 descendants sont enregistrés. Ce variant n’est pas resté en l’état puisqu’il est suivi d’une mutation K417N notée sur 210 descendants. Ce qui fait au moins trois mutations sur le domaine de liaison. Si je dis au moins, c’est qu’au fil du temps et de la circulation virale, les mutations ne cessent de se produire avec une vitesse très élevée, ce qui n’a rien d’étonnant car plus il y a de virions en circulation, plus le nombre de mutations augmente. La divergence des variants issus du « clade 20C/501Y.V2 » se situe entre 25 et 30, ce qui est du même ordre que pour les variants issus du clade anglais surveillé de près depuis un mois et comptant déjà 23 mutations. La séquence N00342/2020 enregistrée en Afrique du Sud a une divergence de 25 ; elle affiche pas moins de sept mutations protéiques, 3 délétions sur ORF1a, 2 substitutions sur ORF1b, 2 délétions et une substitution sur S. Ce phénomène des divergences mutationnelles ne peut que s’amplifier avec la circulation du virus et le phénomène d’accumulation des modifications. Il faut s’attendre à voir apparaître des dizaines de variants jugés tout aussi inquiétants que les deux soi-disant « souches », anglaise et sud-africaine, dont les disséminations ne peuvent être stoppées.

 

 Des variants ayant une divergence supérieure à 20 et une descendance, nous en avons sur tous les continents. Il suffit de regarder les derniers enregistrements, Aux Etats-Unis, au Brésil, en France, en Espagne ou même en Tunisie. Ces virus divergents accumulent autant de mutations que les variants anglais et sud-africains, y compris sur la protéine S. La propagation d’une mutation dépend de la circulation virale, de l’existence de petits clusters ou de foyers plus larges. Il y a fort à parier que le variant anglais ne soit pas plus contagieux. En revanche, on est certain que ce variant a été très contagieux dans les médias et les milieux politiques. Il ne pourrait bien que Boris Johnson ait pris prétexte de cette sorte de « fake lyssenkiste » pour reconfiner le pays et si nous ne sommes pas vigilants, c’est ce qui risque de nous arriver en France, sous réserve d’un frémissement dans les admissions combiné à la détection de ce variant sur le territoire.

 

 

Variant sud-africain : https://nextstrain.org/ncov/africa

Variant britannique : https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/S.N501?c=gt-S_501

 

Pour suivre les mutations dans le monde

 

https://nextstrain.org/sars-cov-2/

 

http://cov-glue.cvr.gla.ac.uk/#/replacement

 


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25 réactions à cet article    


  • Géronimo howakhan Géronimo howakhan 28 décembre 2020 10:55

    Salut, quelle est le taux de mortalité global ? Des humains, 100%....ah merde je ne savais pas...voila où la compétition qui bien sur élimine nous amène tous sauf exceptions je suppose,

    à une sorte de schizophrénie faite de souffrance permanente incomprise par soi même donc non résolue, alors bien sur on s’enfonce prochaine étape dit celui qui voit ? le suicide collectif....

    schizophrénie dans le sens de divisé du réel, dément donc, bien sur sens d’avant les psycho bla bla pour le pognon et rien d’autre...le reste n’est que déclinaison de cette élimination voulue partout p, un des péchés originel de la pensée humaine qui croit être la seule de nos capacité or pas du tout, par contre si elle marche seule de manière totalitaire sur le cerveau c’est la cata bien sur... et par tous et appelée compétition pour attire le gros poisson...quelle déchéance, cela dit certains le voyaient il y a 10 000, 5000 , 200, 50 ans..l’ont dit, ont prévenu mais rien n’y a fait ..Bien sur ceux qui croient encore à la fable de la fausse histoire officielle très emmerdante au mieux car les faussaires n’avaient et n’ont aucun talent.. cela ne peut rien dire du tout.


    • Géronimo howakhan Géronimo howakhan 28 décembre 2020 10:59

      @Géronimo howakhan

      Mais et la pseudo variante du pseudo machin alors ? Désolé mais le seul sujet valable pour la masse ne m’intéresse pas du tout, il est aussi ennuyeux que la fausse histoire, que la fausse science, que la fausse religion, que la fausse archéologie etc. Celui qui a intégré sa mort absolue à la pensée continue sa route ..respect et robustesse.
      PS : la narration de ce coup d’état est réellement assommante pour moi et certains, qui seront de plus en plus nombreux, doit on y voir alors un coup de pouce de Dieu, de l’Origine nécessairement au delà du temps..immortelle, non née, absolue.... ???
      Merci de cet effort cependant..


    • Albert123 28 décembre 2020 11:02

      Elles sont biens zolis toutes ces couleurs, et puis cette imitation d’un pollock sur la gauche ça fait son effet,

      bien sur que l’on sera encore reconfinés, le problème ne vient d’ailleurs pas tant des décideurs complètement cintrés que de cette partie conséquente de la population qui non seulement valide l’idée mais l’attend surtout avec impatience,

      nous sommes en plein dans le diktat des fragiles, des impotents, des assistés, de ceux qui n’attendent rien d’eux même et qui attendent la becquée que lui tend un état bourreau, pompier pyromane et terroriste. 


      • Bernard Dugué Bernard Dugué 28 décembre 2020 11:07

        @Albert123
        C’est ce fond anthropo-métaphysique qui a été racontés avec un certain talent de voyant lucide par Michel Houellbecq dans Soumission. Il semblerait qu’une nouvelle religion d’Etat soit apparue, le salafisme sanitaire. 


      • Shawford Outcast 28 décembre 2020 11:11

        @Bernard Dugué

        Yep con-patriote !!! ^^ ❤️ ^-^

        (achète un Astro Scorpions, it’s D Day [1]]]] )


      • Albert123 28 décembre 2020 11:16

        @Bernard Dugué

        elle n’est même pas nouvelle cette religion, elle est juste arrivé à son aboutissement, 

        derrière le luciférisme républicain, il y a toujours eu le satanisme qui attendait son moment, il est arrivé.


      • Bertrand Loubard 28 décembre 2020 15:39

        @Bernard Dugué
        Paul Watzlawick (dans « Le Langage du Changement ». Eléments de communication thérapeutique) : « Seuls les dictateurs et la racaille du même acabit semblent être conscients de ce profond besoin de rituel et ne manquent presque jamais d’offrir aux jeunes générations des pseudo-rituels qui viennent servir leurs fins scélérates »

        Bien à vous.


      • Sarah Damaris 28 décembre 2020 17:20

        @Bernard Dugué...en plus il tombe bien ce variant... le 8 décembre premier vaccin en Angleterre. 18 décembre. post Brexit. Variant. Si on était complotiste, on dirait que... rien n’est le fruit du hasard ou le hasard fait bien les choses ... et parfois le hasard peut même être déclenché... et si en plus bingo, on trouve ce variant en Afrique , les complotistes pourraient penser «  enfin , l’Afrique est touchée , elle qui a éte encore épargnée peut être grâce à l’artemisia et/ou chloro et bilou bilou ( nickname de bill gates) , pourra enfin vacciner et donc castrer la population africaine... pour amorcer véritablement une dépopulation. Pour peu que ce variant atteigne l’Inde, le hasard serait miraculeux..... l’Europe n’est peut être qu’un dommage collatéral d’un dessein criminel plus ciblé à l’origine sur l’Afrique/Inde/ chine... parce que dans notre vieille Europe, on n’a pas un taux de reproduction bien haut ...chez nous, il suffirait en fait d’éliminer les maurice et Mauricette...mais bon, j’ arrête de penser tout haut aux hasards possiblement bienvenus


      • Bertrand Loubard 28 décembre 2020 17:34

        @Sarah Damaris
        A propos de « castrer les populations africaines » ....
        Test fabuleux et certainement plus fiable que le PCR (Papier Cul Rationné) :
        - Dans un groupe de vos connaissances, annoncez :
         « Nous sommes trop nombreux sur cette terre ».
        - Tous opineront, en chœur, du bonnet.
        - Ajoutez :
         « Surtout les autres ».
        - Très peu de vos interlocuteurs ne se montreront interloqués ni même interpellés.
        Fiable le test ? Non ?
        Bien à vous.


      • Garibaldi2 28 décembre 2020 17:43

        @Bernard Dugué

        Pourquoi venir faire des articles sur Agoravox et ne pas publier sur une revue à comité de lecture ? Vous auriez au moins comme premiers lecteurs des spécialistes à même de vous faire leurs remarques.


      • Shawford Outcast 28 décembre 2020 17:50

        @Garibaldi2

        Revélli est une pute comme JDR, Bernardo veut juste voir où ça mène !

        Et le temps ne fait rien à l’affaire, quand on est c... .. ......

         smiley


      • Sarah Damaris 28 décembre 2020 18:12

        @Bertrand loubard... ma réponse était cynique. Je pense que même si pour plaisanter en société , il est aisé de parler de dépopulation qui serait bienvenue, rien ne peut et rien ne doit justifier un génocide. C’est très franc maçonnique de penser que seul un petit nombre d’élus aura le droit de s’en sortir vivant du déluge engendré par la surpopulation... On nous persuade que nous épuisons toutes les richesses de terre et dès le mois de juin, on nous regarde d’un air désapprobateur en nous disant qu’on a déja consommé ce qu’on aurait dû consommer sur une année... comme si nous ne pouvions subvenir dans un esprit d’entraide et de partage à notre subsistance...si ceux d’en haut partageaient plus leur richesse et jetaient moins, au lieu de donner, nous aurions assez pour tous vivre décemment mais ils ont peur de perdre leur précieux et ils ont peur que le peuple revendique le droit à plus de partage... donc ils entretiennent cette Peur que nous sommes trop nombreux sur notre petite planète mais ce sont surtout eux qui épuisent les Richesses et qui cherchent à nous créer de faux besoins et à nous faire croire que le Bonheur c’est d’avoir .. je suis prête à la transition ethnologique de plus de partage, j’accepterai sans peine moi même de vivre plus frustement si tous les habitants de la Terre pouvaient au moins avoir de quoi se loger et manger ... er je pense que si nous, peuple de cette terre, nous sommes prêts tous à sacrifier un peu de nos possessions inutiles pour cela, il n’y aurait moins d’inégalités et nous serions plus heureux de participer à un monde plus Juste . mais Je pense que ça n’arrange pas les gollums que la terre du milieu équatorial aient résisté jusqu’à présent à leur cocovirus.. et que si d’une pierre deux coups, on pouvait créer un embargo qui ne dit pas son nom avec l’Angleterre qui désobéit par le Brexit et amener un variant providentiel sur des continents insuffisamment impactés ... l’objectif initial du cocovirus serait réactivé ... 


      • babelouest babelouest 29 décembre 2020 06:26

        @Sarah Damaris on notera qu’en Afrique du Sud on n’emploie plus la chloroquine, parce que le paludisme n’y est pas. Donc le SRAS-CoV2 peut s’y répandre.


      • pierrot pierrot 29 décembre 2020 16:11

        @Garibaldi2
        Cette remarque me semble très pertinente.
        Pourquoi pérorer sans fin sur un site à réputation complotiste et commenté par des ignorants en virologie ?


      • Francis Francis 29 décembre 2020 16:52

        @pierrot
         
        ’Pourquoi pérorer sans fin sur un site à réputation complotiste et commenté par des ignorants en virologie ?’
         
         C’est pourtant bien ce que vous faites, hein !?
         
         cette question que vous posez est donc typiquement pour vous et garibaldi2 ?


      • nono le simplet nono le simplet 28 décembre 2020 11:29

        une fois n’est pas coutume mais je suis aussi un peu suspicieux sur le caractère plus contagieux du variant anglais ...

        mais ... mais le variant sud africain très proche semble avoir entraîné une multiplication très importante des cas alors que le pays est en période estivale ...

        wait and see ...


        • Francis Francis 29 décembre 2020 16:54

          le simplet morbide a encore frappé.


        • math math 28 décembre 2020 11:31

          Une variante de plus..en mutation permanente comme celui de la grippe pas de quoi fouetter un chat ni de faire peur a la planète entière !


          • Taverne Taverne 28 décembre 2020 12:52

            Ecarter les moralistes !

            Sachons que le seul cas de vaccination altruiste pour l’instant (demain, je ne sais...), c’est celui des personnes âgées et autres malades à risque (car il en va de leur survie personnelle). Dans tous les autres cas, invoquer l’altruisme est une pression morale insupportable et indigne tant qu’il n’est pas démontré que le vaccin empêche la contamination. Hélas, le souci avec les moralistes, c’est qu’ils ne connaissent pas les limites qu’impose la raison éclairée.


            • Nicolas Cavaliere Nicolas Cavaliere 28 décembre 2020 13:07

              @Taverne

              Il ne faut pas oublier que la vaccination ne s’impose que si un traitement n’existe pas. Or...

              Question : que sont devenus les stocks d’hydroxychloroquine amassés par l’Armée au printemps dernier ?


            • Taverne Taverne 28 décembre 2020 13:59

              @Nicolas Cavaliere

              Un laisser-passer pour la zone libre ?

              Je ne me prononce pas sur les traitements car je n’ai pas la compétence. Mais l’idée du traitement est pertinente : le vaccin n’est pas a priori la panacée.

              La peur ne doit pas nous amener à considérer que c’est la voie inéluctable. Un passeport qui serait un laisser-passer pour la zone libre dans un pays occupé par le covid et régi par des lois qui attentent aux libertés, cela n’est certainement pas la voie à suivre.


            • Bertrand Loubard 28 décembre 2020 17:50

              @Taverne
              Le Carnet Jaune de vaccinations, de l’époque, devait prouver que, venant dans un pays où des maladies endémiques sévissaient, nous avions pris les précautions pour ne pas être « victime d’une infection ». La Carte Verte de Vaccination contre la Covid 19 sera comme une carte grise et l’attestation du contrôle technique de notre véhicule automobile. Ces documents nous assurent d’être couvert en cas d’accident et si nous sommes en droit (suivant le code de la route). A l’opposé, la Carte Verte nous interdira toute attitude qui pourrait mettre éventuellement autrui en danger (sans avoir fait d’autre faute que de respirer). Sans Carte Verte plus de Sécu, plus de Chomdu, plus de transports en commun, plus d’accès aux espaces publiques ou privés en dehors de chez soi ou en dehors d’’établissements de soins de santé mentale (Goulags). Bien à vous et bon courage....


            • JMBerniolles 29 décembre 2020 10:17

              Il me semble que le Sars-CoV-2 est déjà très virulent.

              L’aspect contagion dépend du mode de transmission.

              Soit par aérosols, soit par dépôts sur la peau, sur des surfaces.. .

              Les mutations du virus n’ont pas d’influence sur les aérosols. Ce qui peut changer éventuellement avec des mutations c’est le temps de survie du virus dans des dépôts.

              Mais ce qui caractérise notre pouvoir, en plus du fait criant qu’il ne soucie absolument pas d’améliorer les capacités des hôpitaux publics, c’est l’inertie totale vis à vis d’études scientifiques coordonnées sur les principales questions liées à ce nouveau virus,  son origine, le taux d’immunisation collective, les traitements, l’efficacité des mesures de confinement prises, du masque ... _. 

              L’objectif unique est d’imposer un vaccin développé à la va vite, particulièrement dans la forme d’une étude nouvelle impliquant une manipulation génétique dans le corps humain. Pour laquelle on impose l’avis du Laboratoire qui a mis au point ce vaccin en écartant toute contestation de scientifiques indépendants.

              Pour avoir oser dire que ce vaccin s’apparentait à de la thérapie génétique le Professeur Perronne est déconsidéré et pourchassé. 


              • dscheffes 29 décembre 2020 11:53

                Je me rappelle qu’un certain virologue de Marseille affirmait il y quelques mois déjà, l’existence de variants. Je crois me souvenir qu’à l’époque certains de ses confrères s’étaient gaussés de lui. Et maintenant, brutalement, on découvre que ce virus mute. Bizarre, bizarre !!!


                • pierrot pierrot 31 décembre 2020 09:22

                  Je pense qu’il faut être prudent dans les affirmations des impacts (contaminations, dangerosité) des mutations du virus « anglais » ou « sud-Africain » qui sont en cours d’évaluation.

                  Un virus mute sans cesse mais seules certaines mutations ont un impact (favorables ou pas à la contamination, en particulier ceux concernant les séquences nucléidiques codant la protéine Spike dite parfois « serrure d’entrée dans la cellule ».

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