@pemile

La bouillie est dans votre tête, visiblement vous n’êtes pas armé pour comprendre. 
Voici un petit développement, pour bien ancrer le sujet du séquençage et de la PCR. Dites moi combien de fois il vous faut lire pour comprendre. Par exemple, essayez, si cela vous est possible, de vous concentrer sur l’inexistence des « contrôles négatifs » en virologie en amont de la PCR. Cette négligence permet beaucoup d’approximations et de dérives.
... La reconstruction génétique d’un virus repose sur des techniques bio-informatiques. À partir de fragments génétiques extraits de cellules, un algorithme informatique est utilisé pour assembler ces morceaux en un génome viral censé refléter l’organisation d’un virus hypothétique.

... Ce processus, qui fait appel à des bases de données et des modèles algorithmiques, amène à une version virtuelle d’un génome, mais qui est construite par l’ordinateur et non directement observée dans la nature.

... Ainsi, par « hypothèse », les fragments sont supposés être d’origine virale . En conséquence, « l’amorce choisie » va rechercher dans la culture en observation une séquence déjà identifiée comme étant d’origine virale. C’est un raisonnement circulaire. C’est un véritable château de cartes.
... Parce que, quel que soit le génome choisi dans la banque de données, celui-ci aura été séquencé selon le même processus, en tenant pour vraie une proposition préalable. La virologie tourne en boucle et ne se remet pas en question.

... Et toute la procédure qui interviendra « après » cette étape, pourra être très correctement menée, elle participera quand même au « sophisme scientifique ». Si la première proposition est fausse, tout le reste est faux. La première proposition, à savoir « le biais d’attribution  » des fragments d’ADN ou d’ARN à du matériel viral, est une simple hypothèse que rien ne relie à une réalité biologique. Toute la chaine de raisonnement qui suit, même si elle est « correcte », doit être remise en question puisque la première proposition n’est absolument pas vérifiée.

... Après la découverte des « fragments », à l’aide de la PCR , les dits « fragments » seront « assemblés » à l’aide de l’outil bio-informatique pour « reconstituer » un génome. Ce dernier est « totalement fictif  », il n’aura jamais été observé, il « naîtra » d’un assemblage de « fragments ».

C’est une « construction hypothétique », c’est une chimère. Et ce sont ces « génomes », issus d’une « reconstitution de fragments », qui vont rejoindre les bases de données des virus. En présence de cette « méthode », nul doute que les « virus » présentent un air de famille. Les banques de données des virus sont donc alimentées au fur et à mesure du séquençage de génomes viraux « virtuels ».

... Une solution serait, pour la virologie, afin de s’aligner sur la « rigueur scientifique », « d’opérer des contrôles négatifs ». Ainsi, il serait tout à fait possible de réaliser un « prélèvement » sur une personne « malade » et un autre sur un personne « saine » et de soumettre, à l’aveugle, ces deux prélèvements au même processus de culture. Si les résultats sont différents, c’est que ceci signale la présence d’un agent pathogène. Mais ce protocole n’est jamais suivi. La virologie s’exonère de ce type de contrôle négatif et se rend ainsi coupable d’approximations et de biais méthodologiques.