@pemile

J’avais oublié de mentionner « le mur de la réalité ». Alors voici pemile ! 

... Depuis les années 1950, la virologie repose sur une méthodologie qui postule que les séquences d’ARN ou d’ADN retrouvées dans des milieux de culture cellulaire sont d’origine virale lorsqu’un effet cytopathique est observé.

Cette approche est restée inchangée pendant des décennies, malgré des transformations majeures dans notre compréhension de la biologie cellulaire. Parmi ces transformations, la redéfinition des exosomes et des vésicules extracellulaires comme éléments fonctionnels du dialogue intercellulaire constitue une rupture fondamentale.

Or, cette évolution n’a pas été intégrée à la méthodologie virologique, ce qui entraîne aujourd’hui un décalage critique entre les pratiques expérimentales et les connaissances actualisées sur la cellule.

Les exosomes ont été identifiés dans les années 1980, mais ils étaient alors considérés comme des « déchets cellulaires ». Ce n’est qu’à partir de 2006-2007, notamment avec les travaux de Valadi et de ses collègues, que leur rôle actif dans le transport d’ARN messager et de microARN a été démontré. Cette découverte a mis en lumière un système sophistiqué de communication intercellulaire, capable de modifier le comportement d’autres cellules à distance. Pourtant, les protocoles de détection et d’assemblage de génomes dits viraux continuent d’utiliser des cultures cellulaires sans prise en compte des vésicules extracellulaires.

La méthode standard consiste à cultiver des cellules en présence d’un échantillon clinique, à observer un effet cytopathique, puis à extraire l’ARN du surnageant pour séquençage et assemblage in silico.

Ce dernier repose sur des logiciels qui assemblent des fragments courts en les alignant sur des modèles de génomes présupposés, eux-mêmes construits de manière similaire des années auparavant

En d’autres termes, les nouveaux génomes dits viraux sont validés par leur ressemblance avec d’anciens assemblages eux-mêmes issus d’hypothèses non réévaluées. Cette circularité rend invisible le biais d’attribution initial.

Cette situation est particulièrement problématique car les cellules stressées relâchent spontanément des exosomes contenant des fragments d’ARN et d’ADN de toutes tailles.

Ces fragments peuvent correspondre à des régions codantes, non codantes, des ARN de stress ou des éléments rétrotransposables. Rien ne garantit qu’un tel contenu ne puisse être récupéré dans le surnageant et artificiellement interprété comme un agent pathogène. D’autant plus que les cultures sont souvent traitées avec du sérum fœtal bovin, des antibiotiques, et soumises à des conditions loin de l’homéostasie. Il est donc hautement plausible que les séquences dites virales soient en réalité des expressions endogènes de la cellule confrontée à une agression.

Cette faille est d’autant plus grave que les génomes de référence des grands virus émergents (comme le SARS-CoV, MERS, Zika, Ebola ou SARS-CoV-2) ont tous été assemblés selon ce modèle expérimental, sans contrôle des exosomes. Par conséquent, toute validation par alignement avec ces génomes repose sur une base artefactuelle.

Ce point n’est pas marginal : il concerne la totalité de la base génomique sur laquelle reposent les tests PCR, les séquençages de variants, la conception de vaccins à ARN et l’analyse phylogénétique des « pandémies ».

L’absence de réévaluation critique de ces fondements révèle une forme d’aveuglement méthodologique. Elle montre que la virologie, en tant que discipline, ne s’est pas adaptée à la mise à jour de la biologie cellulaire contemporaine.

Pire, elle continue d’interpréter tout signal génomique comme exogène, alors que la cellule possède sa propre dynamique de réponse informationnelle via les vésicules extracellulaires. Il y a là une dissonance cognitive profonde  : la cellule, redécouverte comme entité autonome et communicante, est simultanément traitée comme un récepteur passif d’invasions virales exogènes dans les modèles virologiques.

Ce hiatus entre la biologie cellulaire moderne et la virologie ancienne appelle une réforme épistémologique. Il ne s’agit pas de nier l’existence de phénomènes infectieux ni de rejeter toute forme de transmission pathogène, mais de reconnaître que les techniques d’attribution des séquences doivent être entièrement repensées. Sans contrôle rigoureux de l’origine cellulaire des fragments génétiques, sans exclusion expérimentale du rôle des exosomes, toute affirmation d’un agent viral reste conjecturelle.

La virologie contemporaine repose sur un socle expérimental conçu avant que l’on comprenne la cellule comme une entité émettrice d’information génétique extracellulaire.

Elle continue d’attribuer à des virus hypothétiques ce qui relève de la réponse cellulaire à un stress. Cette confusion a des conséquences immenses, car elle façonne notre compréhension des maladies, des traitements, des politiques de santé publique, et même des mesures sociales. Il est temps de confronter ce socle à la réalité actuelle de la biologie. L’intégration des connaissances sur les exosomes n’est pas une option, mais une nécessité scientifique.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17486113/