Sur wikipedia :
Suite aux réformes institutionnelles des traités d’Amsterdam et de Nice, la procédure de désignation des membres du collège de la Commission débute par la désignation par le Conseil européen, à la majorité qualifiée, d’un candidat à la présidence.
Le Parlement européen approuve ensuite cette nomination, à la majorité simple. Ainsi, José Manuel Durão Barroso a été désigné par le Conseil en juin 2004, avant d’obtenir un vote positif du Parlement le 22 juillet.
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Le financement du fonctionnement de la commission, y compris le salaire de son Président, est assuré par le budget européen (http://fr.wikipedia.org/wiki/Budget_de_l%27Union_europ%C3%A9enne).
Comme c’est souvent le cas chez les fonctionnaires internationaux, son salaire est exorbitant : http://www.challenges.fr/actualites/monde/20090330.CHA2496/lue_defend_les_i ndemnitesde_ses_commissaires.html