La séquence de l’attentat comprend sur la partie Nord deux tirs d’engins aériens d’une portée de 1400 m au minimum. Les départs ont lieu sur la colline de Pech David à l’Est du site. Le premier tir manque le hangar 221 de quelques mètres et sectionne les sorties du transformateur voisin (masse 20t). Cette explosion associée à l’énergie magnétique du transformateur génère par autoinduction une impulsion énorme sur le réseau et différents phénomènes de nature électrique (remontée du potentiel de terre, électrocution, boules de plasma, départs de feux électriques, disjonctions, arrêt de montre, perturbations sismomètre OMP, îlotage SETMI, amorçages SNPE, percussion des bouteilles d’halon). Certains, plus tard, désigneront improprement cette impulsion par phénomènes électromagnétiques précurseurs. L’incident provoque la mise en route des enregistreurs électriques, millisecondes après millisecondes, sur les bandes de surveillance dont est équipé le site. L’ensemble des installations se met alors en sécurité en commutant ses différents organes d’isolation du réseau. L’amorçage des postes électriques provoque une lumière très vive vue à plusieurs kilomètres. La première explosion est entendue et vue par des témoins situés à la SNPE ainsi que sur le Golf de Vieille Toulouse. Ces derniers se précipitent vers le club house pour téléphoner aux pompiers. Cette explosion n’a été réellement audible que dans un périmètre restreint, de quelques centaines de mètres tout au plus. Dans une salle de réunion, l’ingénieur d’AZF M. Mauzac interrompt son exposé sans manifester de trouble pour ne pas inquiéter ses collègues. Il sera tué quelques secondes plus tard.

Dix secondes après le départ du premier coup, un deuxième engin est tiré de Pech David. La secrétaire du Lycée Galieni alertée par la première explosion, regarde en direction du complexe chimique et voit la trace du deuxième engin dans le ciel en trajectoire plongeante vers le 221. Prise de peur, elle s’enfuit . Elle sera blessée quelques secondes après dans sa fuite.

Ce deuxième engin touche le hangar 221 dans sa partie médiane et provoque instantanément l’explosion du silo. Cette explosion détruit le central téléphonique AZF, la dernière conversation enregistrée sur cet appareil donne la datation de l’explosion.

Deux secondes après l’explosion, l’onde sismique fait vibrer les vitres de Toulouse. L’onde acoustique, plus lente, arrive dix secondes plus tard au centre ville où elle provoque d’importants dégâts. Le corps de Jandoubi sera retrouvé à proximité du cratère. Ce corps victime de multiples fractures n’est absolument pas démembré, ce qui aurait été inévitable s’il s’était trouvé au contact immédiat de l’explosion en tant que kamikaze