Votre théorie est intéressante, plausible mais ne remet pas à mon sens en cause la sélection naturelle.
Darwin était un explorateur et un anthropologue, non un biologiste. Il a « intuité » une bonne part de ses théories. Peu enclin à croire à l’intervention d’un principe divin, il a été guidé par l’idée que les modèles les plus simples sont les plus solides et les plus crédibles (c’est d’ailleurs bien ce qui rendait la théorie héliocentrique tellement plus crédible que les épicycles de Ptolémée).
Mais Darwin est resté à la surface. Il ne pouvait connaître la différence entre génotype (notre identité génétique) et phénotype (l’expression extérieure de nos gènes, sachant que nombre d’entre eux sont muets).
Et c’est bien sur le phénotype que s’exerce la sélection. Qu’importe si un individu a des gènes permettant d’avoir 2, 4 ou 10 jambes, c’est le nombre de jambes qu’il a effectivement qui déterminera s’il peut facilement échapper à un prédateur ou attraper efficacement des proies.
Toute la part muette du génotype est donc neutre vis-à-vis de la sélection naturelle et non affectée *directement* par elle. Dès lors, des gènes peuvent évoluer, fluctuer, varier de façon totalement aléatoire sans la moindre conséquence évolutionniste. Jusqu’à ce que des circonstances génétiques ou extérieures leur donnent l’occasion de s’exprimer sur le phénotype.
La sélection naturelle s’exerce donc exclusivement sur le phénotype. Le génotype peut obéir à d’autres règles, sans remettre en question le principe de sélection naturelle.
Enfin, il y a importance prévalente du phénotype car lorsque l’individu est éliminé ou sélectionné par le processus sélectif, son génotype disparaît ou est sélectionné avec lui.