Au sujet des homosexuels, Carrel écrivait :
« Les sexes doivent de nouveau être nettement définis. Il importe que
chaque individu soit, sans équivoque, mâle ou femelle. Que son
éducation lui interdise de manifester les tendances sexuelles, les
caractères mentaux et les ambitions du sexe opposé. »
— L’Homme, cet inconnu18
Cependant, pour le professeur René Küss, membre de l’Académie de chirurgie, ancien président de la Société française de transplantation, « reprocher à Carrel d’être l’initiateur des chambres à gaz est une escroquerie historique19. »
Il n’en reste pas moins qu’Alexis Carrel était membre sous l’Occupation du PPF de Jacques Doriot, parti pro-nazi : à la suite de pétitionsnote 3 lancées pour certaines par des mouvements d’extrême gauche20 et antiracistes21, la faculté de médecine de l’Université Lyon I Alexis-Carrel — faisant partie de l’Université Claude-Bernard — fut rebaptisée en 1996 R. T. H. Laennec et plusieurs noms de rues de municipalités portant son nom furent débaptisées22,note 4.
Au Québec, en 2015, la ville de Gatineau renomme la rue Alexis-Carrel en rue Marie-Curie23.