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Selon Pierre-André Taguieff, le raisonnement conspirationniste donne lieu à un débat inutile car la théorie du complot ne se prête pas à la réfutation : « l’imaginaire du complot est insatiable, et la thèse du complot, irréfutable : les preuves naïvement avancées qu’un complot n’existe pas se transforment en autant de preuves qu’il existe3 ». Pour Gérald Bronner, les conspirationnistes « singent la pensée méthodique, mais sont imperméables à la contradiction »23.

La théorie du complot peut se rapprocher de la méthode hypercritique : celui qui la pratique se fondera sur les points qui apparaissent valider sa théorie ou contredire l’explication adverse pour écarter toute contre-argumentation. On peut aussi assister à un renversement de la charge de la preuve : c’est au tenant de l’explication admise de montrer qu’il n’y a pas eu complot, et les arguments qu’il profère peuvent passer pour des manipulations supplémentaires. La certitude préalable de l’existence d’un complot implique l’analyse de toute information et de tout fait au travers du prisme de cette théorie du complot. Ce biais cognitif est nommé biais de confirmation d’hypothèse. En outre, à cause d’un défaut de distinction entre les données exploitées et leur mise en relation, le simple fait que des données authentiques soient « insérées dans la trame » de la théorie du complot peut valider à tort la trame elle-même. L’évocation d’un complot peut donc mener au rétrécissement de l’univers d’analyse d’un fait, puisque ce fait ne sera mis en relation qu’avec d’autres faits issus de la théorie. La théorie du complot se justifie ainsi par elle-même, discrédite l’adversaire ; elle n’est donc pas réfutable et n’a en cela rien de scientifique.

Le conspirationnisme est avant tout une logique particulière par laquelle on articule des données. Or, on peut traiter d’évènements authentiques sans que cela garantisse la véracité de la logique par laquelle on les relie entre eux. De fait, hormis les sources a priori crédibles mais finalement non vérifiables, les données utilisées par les théories du complot peuvent être issues aussi bien de faux que de sources authentiques. Le conspirationnisme peut ainsi se réclamer d’une documentation « vérifiable » et ouverte au public, tout en livrant une interprétation fantaisiste des données.

Gérald Bronner considère que les tenants de la théorie du complot sont généralement plus motivés que les non-croyants pour défendre leur point de vue et lui consacrer temps et énergie25. Pour justifier son manque d’implication dans la démonstration de l’inanité du spiritisme, Thomas Henry Huxley écrivait en 1869 : « Je n’ai pas de temps pour une telle enquête, qui attire beaucoup de soucis et beaucoup d’ennuis »26. Le sociologue français qualifie d’ « effet Fort » la méthode argumentative fallacieuse de l’administration de la preuve inaugurée par Charles Hoy Fort dans Le Livre des damnés en 1919. Afin de prouver des théories saugrenues, l’écrivain constitue des « millefeuilles argumentatifs » puisant chacun dans une discipline scientifique pointue. Chacun de ces arguments, pris isolément, est faible, mais l’ensemble constitue « un argumentaire qui paraît convenable au profane, impressionné par une telle culture universelle et pas plus compétent que motivé pour aller chercher, point par point, les informations techniques qui lui permettraient de révoquer l’attraction que ces croyances vont exercer sur lui ». Bronner estime que les produits fortéens « caractérise[nt] de plus en plus fréquemment les produits frelatés qui peuvent s’échanger sur le marché cognitif contemporain », en particulier avec l’émergence d’Internet qui aurait amplifié ce phénomène, citant à l’appui le Da Vinci Code et les « mythes du complot contemporains »27.