@pemile

Imaginons, pemile, un puzzle de 10 000 pièces représentant l’Angélus de Millet, très célèbre tableau.

Ces pièces sont mélangées, jetées en l’air, puis on en ramasse 500 au hasard. En tentant de reconstituer une image avec ces pièces partielles, on pourra toujours obtenir quelque chose, mais ce ne sera ni fidèle, ni nécessairement représentatif de l’image d’origine. Cela pourra même produire une image cohérente mais artificielle, créée par l’interprétation humaine.

C’est exactement ce qui se passe dans la génomique dite « virale » : on collecte des fragments d’ARN ou d’ADN issus d’un milieu biologique (culture cellulaire, fluide biologique, etc.) contenant une grande diversité de séquences nucléotidiques. Ces fragments proviennent de nombreuses sources : cellules lysées, noyaux détruits, ARN cellulaires normaux, exosomes (qui transportent naturellement de l’ARN et de l’ADN), et autres débris génétiques. Aucune origine virale démontrée de ces fragments n’est identifiée. Seule une hypothèse préalable guide leur interprétation comme étant « viraux ».

Des algorithmes bioinformatiques assemblent ces fragments en une séquence continue artificielle, appelée « génome viral » alors qu’il ne s’agit en réalité que d’un produit d’assemblage hypothétique, souvent constitué à partir d’éléments d’origine indéterminée ou composite.

Il est donc légitime de dire que les fragments qui participent à l’élaboration des « génomes viraux » pourraient en réalité inclure, ou même être dominés par des fragments d’origine exosomale ou cellulaire. Mais cette possibilité est écartée ou ignorée dans l’interprétation dominante.

L’existence d’un agent viral autonome, possédant un génome propre et fonctionnel, est ainsi déduite a posteriori de cet assemblage, mais jamais observée directement.

Il s’agit là d’un raisonnement circulaire, dans lequel l’existence du virus est impliquée dès le départ, puis confirmée par un processus qui n’en remet jamais l’hypothèse en question.