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Accueil du site > Actualités > Technologies > L’origine plausible du SARS-Cov-2 et la chauve-souris de 2013. (...)

L’origine plausible du SARS-Cov-2 et la chauve-souris de 2013. Montagnier s’est trompé

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 Dans la partie 4 j’explique pourquoi Montagnier s’est trompé sur la base d’arguments virologiques. Les journaux disposés à reprendre cette information peuvent reproduire des extraits de ce papier en citant l’auteur et l’origine.

 

 1) Ces derniers jours, la presse parle d’une souche ancestrale du SARS-CoV-2 ayant pu circuler en Chine dès septembre 2019. Cette information a fait le tour de la presse scientifique et grand public, relayée dans un article bien documenté du site CNews « Selon eux, le virus aurait pu muter sous sa forme finale des mois avant cette période encore. « Mais il est resté à l'intérieur d'une chauve-souris ou d'un autre animal ou même d'un humain pendant plusieurs mois sans infecter d'autres personnes », a précisé jeudi le généticien de l'Université de Cambridge, Peter Forster (…) L’équipe de Cambridge a récemment fait la une des journaux internationaux avec un article sur l’histoire évolutive du virus. Publié dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) »

 Une étude non évaluée a été élargie à d’autre virus et surprise : « En comptant les mutations, ils pourraient se rapprocher de la découverte de la première infection d'un humain par une souche la plus proche du virus de la chauve-souris. Sars-CoV-2, le virus qui cause la maladie du Covid-19, provenait de chauves-souris. Il a en effet été découvert que la Sars-CoV-2 partage 96% de gènes identiques avec un coronavirus isolé par des scientifiques chinois à partir d'excréments de chauves-souris dans la province sud-ouest du Yunnan en 2013 »

 

 2) Effectivement, le fameux virus de 2013 ne figure pas dans l’article de Foerster paru dans le PNAS dont la qualité est assez moyenne. En revanche, il figurait déjà dans un papier publié par des Américains utilisant une méthode de comparaison des séquences. Chaque souche identifiée est enregistrée dans une banque de donnée et les programmes de biogénomiques peuvent tourner. Voilà maintenant un détail assez important que j’ai repéré dans ce papier. Au lieu de me focaliser sur les séquences évolutives comme l’ont fait les auteurs, j’ai placé mon radar pour voir ce qui est conservé et je suis tombé sur ceci (un fait déjà relaté dans mon article précédent sur le SARS-CoV-2 tracé au zoom épistémologique)

 Un article récent a comparé les deux SARS responsables des épidémies de 2003 et 2020 (S. Srinivasan, 2020). Les auteurs ont placé le projecteur sur les séquences conservées. Pour mon analyse, je vais faire l’inverse. Les différences les plus importantes concernent le domaine wNsp3 et le domaine S. Les auteurs ont constaté la présence de quatre insertions spécifiques au SARS-CoV-2, absentes sur SARS-1. Ce qui signifie que le nouveau virus utilise d’autres codes. Ces quatre insertions sont absentes de coronavirus proches isolés de chauve-souris en 2015 et 2017 ; en revanche, un virus de chauve-souris isolé en 2013 contient ces quatre insertions. Le SARS-CoV-2 pourrait bien avoir « piqué » des codes déjà anciens. Ou alors avoir muté à partir de la souche de chauve-souris de 2013.

 Extrait de l’article de Srinivasan publié dans Viruses « Our search resulted in three new homologs of ORF8 not reported in UniProt that were originated from three different isolates of bat SARS-like coronavirus : bat-SL-CoVZC45 (GenBank ID : MG772933, collected in 2017), bat-SL-CoVZXC21 (GenBank ID : MG772934, collected in 2015), and RaTG13 (GenBank ID : MN996532, collected in 2013). The protein sequences from these isolates shared a striking similarity with wORF8, unseen in other strains before : the sequence identities between each of these three homologs and wORF8 ranged between 94% and 95%. Further analysis showed that the proteomes of these isolates shared even higher sequence identity with the other proteins of SARS-CoV-2 : from 88.4% to 100% for 2015 and 2017 isolates, and even higher, 97.4%–100% for the 2013 isolate (Supplementary Table S1).

 In spite of the significant similarity of the three isolates to SARS-CoV-2, important differences were observed. First, similar to other viruses, the 2017 and 2015 isolates did not have the four sequence inserts that were found in wS. Second, neither of the two isolates had the large insert between the two domains of wNsp3 from wORF1ab described above. On the contrary, the 2013 isolate had both, the four sequence inserts in its surface protein, matching those in wS, and the large insert in Nsp3, although the sequence of the large insert is different from that one in wNsp3. »

 

 3) La source virale RaTG13 est bien celle qui est la plus proche du SARS-CoV-2 (voir la table S dans le supplément fourni par les auteurs). Elle a été récupérée dans des excréments de chauve-souris et présente également des homologies avec le SARS de 2003. C’est pour cette raison qu’elle est apparue sur les radars chinois. En revanche, les deux souches de 2015 et 2017 sont assez éloignées sur SARS de 2019. La provenance du virus de 2013 n’apparaît pas dans la bibliographie fournie dans le papier de Srinivasan. Elle apparaît cependant dans quelques publications récentes. Sinon, remonter à la source est assez facile en utilisant les mots clés adéquats. C’est ce que j’ai fait et je suis tombé sur un papier signé Ge et al. publié dans Nature en 2013 et signalant cette fameuse souche dont la propriété remarquée est de posséder une protéine Spike qui se lie sur le récepteur ACE2, le même que le SARS de 2003 et celui de 2019. D’ailleurs, les Spike du coronavirus de 2013 et celui de 2019 sont quasiment identiques (avec les 4 inserts dans Spike). Il reste une chose que j’ignore, c’est si le type viral est bien le MN996532. En revanche, si vous regardez le laboratoire qui a étudié cette souche, vous constaterez qu’il est basé à Wuhan. Cette souche a certainement été conservée par les virologues de Wuhan.

 

 4) Nous pouvons maintenant enquêter sur l’origine du virus. La thèse de Montagnier a eu un certain succès dans la presse mais elle repose sur une analyse bien hâtive et légère fondée sur sur article publié par des chercheurs indiens. Leur démonstration repose sur ces 4 inserts dans la protéine Spike. Voici ce qu’ils écrivent : « On careful examination of the sequence, alignment we found that the 2019- nCoV spike glycoprotein contains 4 insertions [Fig.2]. To further investigate if these inserts are present in any other corona virus, we performed a multiple We found that these 4 insertions [inserts 1, 2, 3 and 4] are unique to 2019-nCoV and are not present in other coronaviruses analyzed. »

 D’après le papier publié par les chercheurs indiens les 4 inserts sont uniques au SARS-CoV-2 selon ces chercheurs indiens et ne se retrouvent pas dans les autres coronavirus. Si tel était le cas, il devenait plausible de chercher l’origine de ces inserts. La piste la plus plausible étant une recombinaison, ou alors une hypothèse plus étrange comme l’insertion d’une protéine, en l’occurrence la protéine de surface gp120 du HIV (Pradhan, 2020). Cette molécule est connue pour être une porte d’entrée du virus. En tant que protéine de surface, elle est indiquée pour fabriquer un vaccin, sauf qu’utiliser un coronavirus n’est pas une très bonne idée. Quoi qu’il en soit, les quatre inserts bien ont été trouvés chez la chauve-souris de 2013, comme l’indique le papier de Srinivasan (on retrouve d‘ailleurs 98% d’homologie entre les Spike de 2013 et de 2019). L’argument selon lequel aucun des génomes de corona ne contient les 4 inserts s’effondre, et la thèse du bricolage génétique avec HIV n’a plus de fondement puisque l’origine naturelle devient la piste privilégiée pour ne pas dire certaine.

 Le constat : We found that these 4 insertions [inserts 1, 2, 3 and 4] are unique to 2019-nCoV and are not present in other coronaviruses analyzed. est donc erroné puisque ces inserts ont été retrouvés dans le corona de 2013 ; la thèse du bricolage avec HIV véhiculée par Montagnier ne tient plus. Et d'ailleurs le papier des scientifiques indiens porte cette mention withdrawn, ce qui veut dire qu'il a été retiré du site de prépublication. Retiré mais pas effacé. 

 

 5) La première hypothèse sur l’origine consiste à imaginer une contamination par l’homme de la souche RaTG13 du coronavirus de chauve-souris repéré en 2013. La date est incertaine. Une fois passée chez l’homme, la souche a fait un long (ou court) chemin, s’avérant au début peu contagieuse au point de passer sous les radars de la virologie. Au fil des mutations, une souche intermédiaire entre le virus de chauve-souris et le SARS-CoV-2 aurait pu apparaître puis muter pour donner le virus actuel. Cette souche aurait-elle circulé en septembre 2019 ? Pour le savoir, il faudrait étudier les génomes numériques conservés dans les banques de données ; en ciblant les 4 inserts de Spike. L’autre hypothèse est identique à la précédente sauf sur un point. Le coronavirus RaTG13 se serait échappé d’un laboratoire, probablement en contaminant un chercheur qui l’aurait transmis à d’autres personne avec au bout une mutation pour conduire au virus actuel. On sait en effet que les Chinois, comme la plupart de leurs confrères virologues d’autres pays, ne se contentent pas des banques génomiques et conservent les souches pour les étudier. Une troisième hypothèse a été évoquée dans la presse et n’est pas à exclure. La piste du laboratoire P4 n’est pas nécessaire puisque les coronavirus sont manipulés dans des labos des P3, ce qui rend un accident moins improbable. Le virus de chauve-souris aurait muté à partir de cultures in vitro et se serait échappé du laboratoire, probablement en contaminant un chercheur. Néanmoins, la contamination naturelle avant décembre 2019 semble la plus plausible des hypothèses, du moins si l’on ne fait pas entrer dans la balance les considérations politiques et le démon de Lyssenko.

 L’évolution des virus est datable par les horloges génomiques sans pour autant être entièrement fiable. On peut mesurer les embranchements lorsqu’une souche se répand et c’est ce qui a été réalisé par pour le SARS-CoV-2 (la souche date de la mi-décembre 2019). En revanche, une mutation importante produisant une souche intermédiaire peu contagieuse reste dans l’ombre. Il faut la repérer avec l’identification d’un cas clinique suspect. L’origine du virus risque bien de rester une énigme pendant longtemps. En 2009, les virologues avaient les yeux fixés sur la grippe et notamment, le virus aviaire H5N1 qui alimentait toutes les craintes. Le virus H1N1 est arrivé, fruit de trois réassortiments (contrairement au corona, le génome de la grippe est segmenté, ce qui facilite les recombinaisons). Le SARS-CoV-2 n’était pas si inattendu si l’on remonte en 2003, et 2013 pour la chauve-souris. Quant à la controverse sur l’hypothèse d’un accident, elle relève surtout de considérations géopolitiques en cette époque de guerre froide menée entre Occidentaux et Chinois.

 

Bibiographie

 

Ici le papier sur lequel s’est basé Montagnier

P. Pradhan et al. Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag 

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1.full.pdf

 

Peter Forster, Lucy Forster, Colin Renfrew, Michael Forster Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes, PNAS first published April 8, 2020

https://doi.org/10.1073/pnas.2004999117

 

Ge XY…, Daszak P, Shi ZL, Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor, Nature. 2013 Nov 28 ; 503(7477) https://doi.org/10.1038/nature12711

 

S. Srinivasan et al. Structural Genomics of SARS-CoV-2 Indicates Evolutionary Conserved Functional Regions of Viral Proteins. Viruses. Mar 25. 2020

https://doi.org/10.3390/v12040360

 

CNEW 21 avril

https://www.cnews.fr/monde/2020-04-21/lepidemie-de-coronavirus-pourrait-avoir-commence-des-septembre-et-pas-wuhan-947945

 

Zoom épistémologique sur le virus

https://www.agoravox.fr/actualites/technologies/article/sars-cov-2-bientot-5000-mutations-223151

 


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40 réactions à cet article    


  • Géronimo howakhan Géronimo howakhan 22 avril 12:11

    Salut, un bon titre aurait pu être : j’ai raison..

    autre titre : quel bla bla...merci pour cela.

    ou encore : que savons nous réellement et factuellement de ce que nous nommons virus, de leur origine, de leur rôle dans l’univers et dans nos corps, de leur « vie » , de l’intention derrière etc ? rien...

    ou : échec total de la médecine symptomatique pasteurienne

    ou : grande découverte du 21ème siècle, les humains seraient mortels et peuvent être malade donc détruisons les sociétés ..comment définir la maladie ?

    etc la folie et démence humaine progresse, pour le reste la régression entamée il y a des siècles, pour moi des millénaires, arrive enfin dans sa phase finale..le suicide ...

    respect et robustesse..


    • Bernard Dugué Bernard Dugué 22 avril 12:43

      @Géronimo howakhan
      Le titre suffit, la thèse de Montagnier est démontée, le coup est imparable.
      Les complotistes devront trouver autre chose 
      En plus, je prends position sur l’origine la plus plausible et dire que dans Le Monde ils en sont encore aux pangolins


    • Géronimo howakhan Géronimo howakhan 22 avril 13:09

      @Bernard Dugué

      Salut Bernard, le simple usage du mot complotiste, invention de la cia lors de l’affaire Kennedy à mes yeux vous disqualifie intégralement, le complot donc une trame secrète pour le pouvoir est totalement réelle ..cela dit bonne route bien sur..nous sommes peu de choses et avant tout mortels or déjà rien que cela nous ne le savons plus..alors pour le reste..
      salutations.


    • vesjem vesjem 22 avril 21:34

      @Bernard Dugué
      au nom de quelle expérience peux tu te prévaloir de ridiculiser le Pr Montagner ?
      as-tu déjà séquencé un ARN ?
      où et quand ?
      nous prendrais-tu pour des billes ?


    • En 1986, le nuage de Tchernobyl s’arrêtait à la frontière. En 2020, il faut gober la fable des ébats amoureux du pangolin et de la chauve-souris, de plus à 200m d’un laboratoire P4 de virologie. Nous avons encore le droit de faire fonctionner nos cervelles sans nous faire insulter (de « complotistes » ou autre douceur) !


      • Le Panda Le Panda 22 avril 14:54

        Bonjour Bernard Dugué,

        Tu persistes sur un plan strictement personnel plutôt que clinique. Peu importe oui et je l’ai toujours écris Luc Montagnier s’est très lourdement trompé. Pas une seule fois je n’ai écris le contraire ou merci de m’en donner « la preuve ». Dans la mesure ou tu souhaites que nous ayons un débat que tout un chacun puisse comprendre, je veux bien ouvrir pleinement les portes, à toi de voir, merci.

        Les vérités je pense en détenir une partie car je ne pars nullement en élucubrations.

        J’attends ta réponse, je reviens dans quelques instants. Je pense par contre que tu m’as réellement sous-estimé et là permet moi de te dire que tu fais erreur. L’article que je porte à bouts de bras n’est pas de « moi » je rétabli certaines réalités. Dont acte ! Avec la seule différence c’est qu’Agora Vox ne publie pas mes articles depuis des mois.

        Le Panda

        Patrick Juan


        • Popov Popov 22 avril 15:19

          Merci pour l’article. « Les 4 inserts sont dans le virus de 2013 ». ok. Origine animale cela tombe bien, j’aime bien l’explication libération de pathogènes par restriction des habitats écologiques des petits mammifères dont les cellules résistent aux rayons X et à tous les virus.... pour qu’on puisse changer un peu le monde..

          Mais si je comprends bien, les 4 séquences ne sont pas dans le VIH ? le papier des indiens n’est qu’une hypothèse ? Très étrange de parler du VIH quand même pour des chercheurs si ils n’ont rien, A quoi cela leur sert ?

          Sinon quelle taille d’un insert par rapport à celle de la protéine ? Combien de nucléotides pour un insert ? merci (pour un jour faire des probabilités de coïncidences fortuites)


          • Bernard Dugué Bernard Dugué 22 avril 17:29

            Pour couper court aux interprétations hasardeuses

            Les scientifiques indiens n’ont pas été obligés de supprimer leur étude, ils l’ont retiré ce qui signifie qu’elle n’a plus vocation à être discutée en l’état sur le site de prépublication. 

            Les auteurs l’ont retirée parce qu’ils ont constaté que ce papier avait fait l’objet d’une théorie du complot, avec de grave conséquences. Voilà la réponse du signataire de l’article Prashant Pradhan 

            « This is a preliminary study. Considering the grave situation, it was shared in BioRxiv as soon as possible to have creative discussion on the fast evolution of SARS-like corona viruses. It was not our intention to feed into the conspiracy theories and no such claims are made here. While we appreciate the criticisms and comments provided by scientific colleagues at BioRxiv forum and elsewhere, the story has been differently interpreted and shared by social media and news platforms. We have positively received all criticisms and comments. To avoid further misinterpretation and confusions world-over, we have decided to withdraw the current version of the preprint and will get back with a revised version after reanalysis, addressing the comments and concerns. Thank you to all who contributed in this open-review process.
             : Authors of the Manuscript »

            https://disqus.com/by/disqus_9vTYsrZnzD/

            Contrairement à ce que prétend Montagnier, le papier n’a pas été censuré !


            • Le Panda Le Panda 22 avril 18:06

              @Bernard Dugué
              Je pense qu’il sera impossible de débattre et tu ne réponds pas à tes intervenants sur ton fil, merci de m’indiquer dans ces cas pourquoi tu plantes des dizaines sur le site, pour indiquer que ton article est sorti.
              Le Panda
              Patrick Juan


            • vesjem vesjem 22 avril 21:38

              @Bernard Dugué
              mais tu gobes n’importe quoi !
              serais-tu un complotiste anti-complotiste ?, rétribué ou naïf ?


            • Flash 26 avril 23:19

              @Bernard Dugué
              En tout cas, d’après ce que dit le responsable de l’étude, il ressort qu’il ne retirent pas leur étude parce qu’elle comporterait des erreurs, parce que leur résultat serait faux, mais à cause de l’ « utilisation » comprendre : de l’interprétation que certaines personnes pourraient faire de ce résultat.

              Ce n’est donc pas parce que cette équipe a retiré son étude du débat scientifique qu’elle est scientifiquement invalidée. Leur hypothèse n’a pas été discutée sur le fond.
               


            • jef_frayeur 22 avril 19:05

              taiwan avait découvert et alerté l’oms justement le virus aux alentours de 10-20 décembre 2019 mais en raison des pressions chinoises pour ne pas en tenir compte, l’oms a du se taire. 


              • Bernard Dugué Bernard Dugué 22 avril 19:11

                @jef_frayeur
                à prendre avec précaution
                l’horloge sur nextstrain
                datation originelle avant le 11 novembre 2019
                 
                https://nextstrain.org/ncov/global?l=clock


              • Bernard Dugué Bernard Dugué 22 avril 19:15

                @Bernard Dugué
                Deuxième indice
                S : D 614 G, 7 décembre 2019
                Cette mutation est à l’origine de la thèse des souches L et S, thèse controversée
                Depuis, il y a eu pas mal de mutations sur S


              • Popov Popov 22 avril 19:11

                http://virological.org/t/tackling-rumors-of-a-suspicious-origin-of-ncov2019/384

                Je commence à comprendre pourquoi ils parlent des « 4 inserts ». En suivant des liens je suis tombé sur cela et comprend maintenant cette histoire d’inserts. Peu importe s’il viennent du HIV ou du virus de 2013, l’important c’est que c’est très étonnant : est ce qu’il peut y avoir mutation par insertion de code ? J’ai appris (au lycée) qu’une mutation était un changement de code...avec le même nombre de code... Or ici il apparaît 4 insertions en plus du code du RaTG13, c’est un processus biologique qui existe ? le RatG13 tout bien tout conforme et des insertions d’autres virus... ? je ne suis pas parano mais j’aimerais bien savoir si une insertion est un processus biologique dans les transformations de virus !



                • Bernard Dugué Bernard Dugué 22 avril 19:20

                  @Popov tout dépend de quelle mutation, acide aminé ou nucléotide et du code
                  ici c’est le code d’entrée du virus. Ce sont des inserts de taille assez importante, bien au dessus d’un acide aminé. Extrait de mon article sur les mutations
                  Les auteurs ont constaté la présence de quatre insertions spécifiques au SARS-CoV-2, absentes sur SARS-1. Ce qui signifie que le nouveau virus utilise d’autres codes. Ces quatre insertions sont absentes de coronavirus proches isolés de chauve-souris en 2015 et 2017 ; en revanche, un virus de chauve-souris isolé en 2013 contient ces quatre insertions. Le SARS-CoV-2 pourrait bien avoir « piqué » des codes déjà anciens. La partie de la protéine S ayant le plus muté est celle qui interagit avec le récepteur ACE2. Le nouveau virus utilise donc le même récepteur que l’ancien mais il semble disposer de nouveaux codes. Pour faire quoi ? Pour se faufiler dans les cellules sans doute, mais quelles cellules ?

                  Sinon, on se rapproche des 5000 mutations d’AA plus vite que je ne l’avais anticipé
                  4672, la plateforme a été mise à jour
                  http://cov-glue.cvr.gla.ac.uk/#/replacement


                • Bernard Dugué Bernard Dugué 22 avril 19:24

                  @Popov Une insertion peut se produire avec une recombinaison. Elles se font naturellement et ne sont pas viables, sauf exception

                  Pour qu’elle soit nocive pour l’hôte, il faut encore que la recombinaison prenne les bons attributs des virus parents. Comme toutes mutations, la recombinaison virale peut donner des résultats viables ou non, produire des particules plus ou moins virulentes. Et bien plus que toutes les simples mutations ponctuelles (délétion, insertion, substitution), elle aboutit rarement puisqu’elle équivaut à des centaines de délétions, insertions, et substitutions d’allèles entiers et non de quelques nucléotides !

                  Dans une très large majorité de cas, le résultat est donc non viable. Cependant, plus les différents variants de virus sont proches et infectent un grand nombre d’individus, plus la probabilité qu’une recombinaison viable se produise est grande.


                • Popov Popov 22 avril 21:01

                  @Bernard Dugué

                  merci pour la réponse, cela existe oui mais donc on a du décalage « en lecture » du code qui sont donc presque toujours non viables mais avec le nombre de virus étant grand ce presque se transforme en réalité. Le lien de l’universite de Glascow sur les 4600 mutations sont apparemment des mutations simple « replacement » ? . A t-on des mutations d’insertions dans la propagation actuelle ? Avez-vous trouvé des liens d’étude de cas de virus (grippes ou autre choses) ayant muté avec des insertions ? merci


                • Bernard Dugué Bernard Dugué 22 avril 21:11

                  @Popov pas d’insertion à ma connaissance
                  sinon, une délétion de 382 nucléotides a été observée sur la séquence ORF8
                  à Singapour, attention, le papier n’a pas été reviewé
                  https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.11.987222v1.full.pdf


                • vesjem vesjem 22 avril 21:44

                  @Bernard Dugué
                  crois-tu que le Pr Montagner, expert en la matière, se serait discrédité en faisant son annonce ?
                  tu crois qu’il n’a ni analysé, ni réfléchi aux conséquences ?


                • Popov Popov 22 avril 22:47

                  @Bernard Dugué
                  merci. Oui suppression cela marche aussi comme « preuve pour moi » car on a aussi du décalage. Les virus peuvent donc muter en suppression/insertion ... et rester viables. Étonnants ces petites bêtes. L’ADN a sûrement des informations « passage intéressant commence » et des informations « passage intéressant fini » et on doit pouvoir remplacer entre ceux-ci j’imagine mais c’est étonnant car toutes les adresses sont quand même « décalées » après la suppression / insertion et le repérage doit faire un « moins un » ou un « plus un » derrière. C’est quand même beau la nature mais c’est aussi fatal une fois sur 200 pour cette beauté la...


                • Bernard Dugué Bernard Dugué 22 avril 20:00

                  à ceux qui ne m’ont pas posé la question, je vais répondre

                  la question concerne Prevotella.

                  Le papier initial m’a permis de jouer sur la sérendipité et de construire mon propre modèle

                  Je me désolidarise complètement de cette affaire qui a viré en fake news comme je l’ai pressenti en suivant le devenir viral de cette théorie sans fondement scientifique solide

                  En revanche, l’interférence bactérie virus reste sur mes radars plus que jamais, avec l’option zinc et azithromycine.

                  https://www.sciencesetavenir.fr/sante/intox-la-bacterie-intestinale-prevotella-ne-joue-pas-de-role-dans-le-covid-19_143668


                  • Popov Popov 23 avril 10:17

                    @Bernard Dugué
                    La probabilité est donc nulle pour qu’il y est 4 insertions sans aucunes mutations simples vu que les mutations simples sont X*1000 fois plus fréquentes. C’est donc une recombinaison de deux virus et vous avez cité le virus de 2013. Mais une recombinaison a l’air d’être faite avec un nombre important de nucléotides des deux parents. https://fr.wikipedia.org/wiki/Recombinaison_virale
                    ici on a très peu de nucléotides qui différent dans les 4 insertions (dizaine ou moins). wikipedia : "Et bien plus que toutes les simples mutations ponctuelles (délétion, insertion, substitution), elle aboutit rarement puisqu’elle équivaut à des centaines de délétions, insertions, et substitutions d’allèles entiers et non de quelques nucléotides ! " je pense qu’il pourrait y avoir bricolage génétique quand même avec le virus de 2013 et le RatG13 et qu’il faut attendre les papiers des chercheurs, pas mal doivent travailler sur le sujet.


                    • Bernard Dugué Bernard Dugué 23 avril 10:28

                      @Popov Le virus de 2013 et le RatG13 ne peuvent pas se recombiner puisque le RatG13, c’est le virus de 2013 !
                      Vous n’avez pas lu attentivement l’article


                    • Popov Popov 23 avril 14:43

                      @Bernard Dugué

                      Merci pour vos réponses et les éclaircissements/renvois scientifiques. C’est vrai, je ne comprends pas tout... je cite « On the contrary, the 2013 isolate had both, the four sequence inserts in its surface protein, matching those in wS, and the large insert in Nsp3, although the sequence of the large insert is different from that one in wNsp3. » je pensais que cela voulait dire que le 2013 contenait les inserts ? bref …alors

                      1) Quel est donc le deuxième parent-virus avec le RatG13 qui donne le wuhan ? C’est la question qui n’est pas résolue et que les chercheurs essaient de trouver ?

                      2) d’après le lien que j’avais mis http://virological.org/t/tackling-rumors-of-a-suspicious-origin-of-ncov2019/384 qui compare le RatG13 (=2013 ok..) et le wuhan, on voit deux inserts très petits (12 et 4 Acides Aminés) et aucunes mutations simples sur les autres acides aminés, c’est cela qui est étonnant, c’est donc obligatoirement une recombinaison et qui d’après « wikipedia » comporte de gros ensemble, des allèles entières. 2) Est-ce qu’il existe des papiers avec des recombinaisons si petites entre deux virus parents ? Merci pour vos réponses.


                    • Popov Popov 25 avril 15:30

                      @Bernard Dugué

                      Si vous avez le temps de me répondre... Donc maintenant je comprends et j’acquiesce que les fameux 4 inserts qui semblaient uniques au Sars-Cov2 sont dans le RatG13 d’après le papier du 25 mars que vous citez https://www.mdpi.com/1999-4915/12/4/360/htm#app1-viruses-12-00360 et ne sont pas unique au Sars-Cov2. Alors désolé pour les lecteurs de l’article, le lien que j’ai donné ne vaut pas grand chose... Donc on a eu une recombinaison entre RatG13 et … un virus du pangolin ou un autre bat-virus (2015 2017 ? ) C’est dommage l’article ne prend en compte que les virus des chauve-souris, et d’après vous on s’éloigne du pangolin alors que l’on titrait 99 % de ressemblance dans les liens ci dessous. https://theconversation.com/coronavirus-origins-genome-analysis-suggests-two-viruses-may-have-combined-134059

                      Bref une recombinaison en laboratoire cela n’est pas possible ? Je ne suis pas expert mais je ne pense pas vu que rien n’est pratiquement viable. Bref recombinaison=> origine naturelle


                    • joletaxi 25 avril 15:49

                      @Popov

                      d’après un article, dont je ne retrouve pas le lien, effectivement il s’agirait d’une recombinaison naturelle, car il est impossible( pour le moment, de créer un virus aussi infectieux qui se répliquerait., il ne survivrait pas.
                      Cependant, pour que cette recombinaison naturelle soit pérenne, il faudrait que les animaux porteurs utilisés , soient en contact pendant suffisamment longtemps pour que le nouveau virus puisse subsister. au fil de suffisamment de réplications, chose possible mais improbable dans la nature( paraît même que cette région n’eszt pas l’habitat de la chauve souris en question ?)
                      Il est donc tout à fait possible que au cours d’essais prolongés, soit apparu ce nouveau virus.Le fait que ce labo étudiait le VIH est pur hasard bien entendu....


                    • Durand Durand 23 avril 12:19

                      Une étude britannique de Novembre 2003 sur chloroquine et hydroxychloroquine contre les infections virales (dénichée par @Legestr glaz)

                      https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7128816/


                      • Bernard Dugué Bernard Dugué 23 avril 13:04

                        @Durand Merci pour le lien
                        Et j’ajoute, merci ! 


                      • Durand Durand 23 avril 14:13

                        @Bernard Dugué

                        Compris !... Il n’y a pas de quoi..., tous sur le même bateau...

                        Je ne suis pas qualifié pour dire si la partie de l’étude concernant chloroquine et VIH est prometteuse ou pas mais c’est très intéressant...

                        Concernant la première partie et les coronavirus, on croirait lire une étude anticipée sur un covid-19 alors inconnu...


                      • JMBerniolles 23 avril 18:28

                        Bonjour et merci pour cet article très intéressant.

                        Qui répond à un certain nombre de mes questions.

                        1. le passage du SARS précédent (2017 vous dites) de la Chauve souris au Sars cov 2 me paraissait très important et décisif pour la contamination des cellules humaines. Je me posais la question de savoir si cette importante et nocive évolution pouvait se produire dans un être humain en disons trois mois ?
                        2.  Il fallait sans doute partir d’un virus animal beaucoup plus proche du Sars cov 2. Donc le Sars 2013 convient
                        3.  Dans ce cas on peut penser qu’en 2013 des Chauve souris portant ce virus ont été consommées ? Peut-être que la contamination par ingestion est moindre que par les voies respiratoires.
                        4.  La contamination accidentelle d’un opérateur dans un Labo est sans doute l’hypothèse la plus probable. En 2013 ? Possible puisque beaucoup de gens contaminés ne présentent pas de symptômes, que le taux de mortalité est faible et que la mort peut être attribuée à d’autres causes.
                        5.  Maintenant je ne sais pas non plus si l’on est bien informé des possibilités liées à l’ingénierie biologique à des fins militaires. Si l’on regarde la construction du Sars cov 2 que vous donnez on a l’impression qu’il est construit comme un vecteur, l’enveloppe et les protéines, qui envoie un virus avec des effets sur le système respiratoire dans les cellules humaines. Sans rien connaitre il me semble que si je voulais construire une arme biologique j’essaierais cette architecture biologique ? 

                        • Eric F Eric F 25 avril 00:01

                          @JMBerniolles
                          « il me semble que si je voulais construire une arme biologique j’essaierais cette architecture biologique » 


                          Une « arme biologique » doit cibler un adversaire donné, sans toucher les autres. Or aucune épidémie ne peut être « ciblée » contre un adversaire, mais contamine à l’aveugle, et cette épidémie-ci plus largement que les autres.

                          Maintenant, une chose est sure, les laboratoires d’étude supposés étudier les mécanismes d’évolution des virus ou trouver par avance des vaccins n’ont en tout cas été d’aucune utilité pour contrecarrer la présente épidémie, les connaissances des effets de ce virus et essais thérapeutiques sont partis de zéro. Et l’hypothèse de fuite accidentelle d’une vieille souche n’est pas exclue.


                        • Flash 26 avril 23:49

                          @Eric F

                          "Une « arme biologique » doit cibler un adversaire donné, sans toucher les autres.

                          « 

                          1. Il n’est nul besoin qu’une arme biologique cible un adversaire sans toucher les autres. Il suffit que »les autres" disposent du moyen de s’en préserver ou de guérir rapidement des dégâts que cette arme provoque.
                            Et, ici, on voit que ces dégâts sont généralement légers sauf pour un % infime de personnes. On sait également maintenant qu’un traitement à base d’un macrolide renverse la situation en 48H (à condition que la maladie soit prise tôt).
                          2. Si ce virus est une arme biologique, vous ne savez pas qui l’a créé, dans quel but et, donc, quelles étaient les victimes prévues.
                            Dans ce cas de figure par exemple, cette arme me semble jouer parfaitement son rôle : https://www.observateurcontinental.fr/?module=articles&action=view&id=1542

                        • domo domo 23 avril 18:44

                          La pathogenèse de Prévotella copri (je précise) 
                          de Covid619 ne pourrait-elle pas être du même genre que celle de Prévotella copri sur VIH .. voici la conclusion de cette étude parue danshttps://www.nature.com/articles/s41598-018-35877-4 ?

                          L’abondance plus élevée de Prevotella peut favoriser la pathogenèse du VIH, comme le suggère l’association négative de Prevotella avec le nombre de CD4. Fait intéressant, la corrélation directe entre Prevotella et IP-10 suggère que IP-10 peut être régulée par le microbiote intestinal et pourrait potentiellement contribuer à l’inflammation continue et à l’épuisement des lymphocytes T. De futures études pour comprendre le mécanisme de l’inflammation due à Prevotella pourraient aider au développement d’interventions thérapeutiques qui peuvent reconstituer un microbiote intestinal sain et atténuer le niveau d’inflammation chez les personnes vivant avec le VIH.


                          • Bernard Dugué Bernard Dugué 23 avril 19:21

                            @domo Le microbiote agit le plus souvent en modérant l’action d’un virus, que ce soit un HIV, un corona ou la grippe, parfois il augmente la virulence, et d’autre fois, c’est le virus qui booste les bactéries et même les bactéries qui mènent leur propre danse
                            C’est un domaine tout récent en microbiologie


                          • Duke77 Duke77 23 avril 20:54

                            L’ennui avec cet article c’est qu’il ne prouve rien. Il y a bien des séquences d’ARN du covid-19 similaires au HIV à plus de 98% et qui codent pour une protéine dont celle responsable de la capacité du virus à cibler un type de cellule. L’anthropisme des 2 virus est bien constaté comme similaire et surtout celui du Covid19 est différent des autres Corona virus. Pour vulgariser, on pourrait faire le parallèle suivant : un virus a besoin des cellules de son hôte pour se multiplier, le HIV cible les globules blancs (lymphocytes T4) qui sont justement responsables d’éliminer les virus, d’où sa dangerosité. Le Covid19 cible également des globules contenus dans le sang : les globules rouges, les faisant exploser et libérant le fer qu’ils contiennent, et on sait depuis peu que le codvid19 provoque un emballement du système immunitaire (orage de cytokines qui détruit les organes et est à l’origine des décès) : https://fr.sputniknews.com/sci_tech/202004141043556070-le-coronavirus-peut-sattaquer-au-systeme-immunitaire-a-lidentique-du-vih-alertent-des-scientifiques/

                            On a donc bien, une séquence génétique identique aux 2 virus qui induit une capacité similaire de dérégler le système immunitaire car c’est justement cette partie du génome des virus qui crée la clé d’entrée dans les cellule (protéine S). La question est donc : est-ce que cette capacité à cibler les globules et à dérégler le système immunitaire (et qui n’a JAMAIS été vu chez un coronavirus) peu apparaitre par mutation naturelle ?
                            Ce qui est certain, c’est que les laboratoires de très haut niveau dits « P4 » (seulement une poignée dans le monde : 1 en Chine, 1 en France, 1 en Russie et 4 aux USA) comme celui du Wuhan travaillent justement sur le copier/coller de séquences génétiques pour donner de nouvelles capacités aux virus, c’est même leur raison d’être. Et celui de Wuhan travaillait justement sur le Coronavirus des chauve-souris au moins depuis 2015, date à laquelle plusieurs chercheurs ont tirés la sonnette d’alarme pour prévenir du risque que représentait ce laboratoire, selon eux pas assez sécurisé. Les USA ont coupé leur partenariat à ce moment, mais les français ont décidé d’accompagner les chinois et de construire la partie P4 de ce labo via l’inserm Le mari d’A Buzyn, Yves Levi a participé à ce partenariat.

                            La piste du Pr Montagnier est donc pour le moment non seulement la seule possible tant qu’on aura pas prouvé qu’une mutation de la séquence fabriquant la protéine S qui permet au virus d’entrer dans un type spécifique de cellules peut survenir naturellement et c’est aussi la plus probable du fait de sa proximité avec le seul labo P4 de Chine. Le fait qu’un virus mutant apparaisse dans la seule ville de Chine où on réalise justement de telles expériences devrait intriguer toutes personnes avec un minimum de bon sens. Les autres croient certainement aux coïncidences : no comment.


                            • Flash 27 avril 00:31

                              @Duke77
                              Merci pour ce commentaire très éclairant.

                              "Le fait qu’un virus mutant apparaisse dans la seule ville de Chine où on réalise justement de telles expériences [labo P4] devrait intriguer toute personne avec un minimum de bon sens."
                              Eh oui ! mais, comme disait l’autre, le bon sens est ce qui est le moins bien partagé. Ou, plutôt, la plupart d’entre nous ne souhaitons pas vivre dans la réalité, qui peut être effrayante.

                              Si l’on reste sur l’hypothèse de l’arme bactériologique, il me semble qu’il faut élargir le cadre au plan géostratégique pour avoir une chance de comprendre. Se demander : à qui profite le crime ?

                              De ce point de vue, on pourrait se fourvoyer à se focaliser sur Wuhan.
                              Dans ce cas de figure : https://www.observateurcontinental.fr/?module=articles&action=view&id=1542 , qui me paraît tout à fait plausible, ce virus proviendrait plus probablement de l’autre côté du globe.
                              Ce qui a d’ailleurs été évoqué : https://www.mondialisation.ca/coronavirus-chinois-une-mise-a-jour-choquante-le-virus-vient-il-des-usa/5642473
                              https://www.mondialisation.ca/covid-19-des-preuves-supplementaires-que-le-virus-trouve-son-origine-aux-etats-unis/5642854

                              Il semblerait que la première personne ou une des premières personnes reconnue comme ayant contracté le COVID-19 aux USA soit une cycliste de l’équipe US qui avait participé aux jeux militaires de Wuhan, Maatje Benassi. Et que le premier contaminé COVID aux Pays-Bas soit Benny Benassi, son mari (ces gens ayant la double nationalité : néérlandaise et étasunienne).

                              La thèse d’un virus qui proviendrait des USA est d’ailleurs celle défendue par le célèbre lanceur d’alerte étasunien spécialiste des armes bactériologiques, le professeur Francis Boyle : https://www.observateurcontinental.fr/?module=articles&action=view&id=1412
                              .


                            • Eric F Eric F 24 avril 23:44

                              Merci pour cet article probant, dont la phrase clé est : « un virus de chauve-souris isolé en 2013 contient ces quatre insertions ». Mais Agoravox semble le dernier endroit où il puisse recevoir un accueil positif, car il faut à toute force qu’il y ait eu manigance.


                              • Pierre Régnier Pierre Régnier 29 avril 21:42

                                @Eric F

                                Après avoir admis plus haut qu’une fuite accidentelle n’est pas exclue vous vous ralliez ici à la conception de Bernard Dugué selon laquelle, s’il n’y a pas eu manigance, il n’est pas utile d’étudier la possibilité d’une origine du Covid 19 dans le labo P4 de Wuhan.

                                Cette conception persistante est aussi celle que laisse entendre le gouvernement français (qui ne s’exprime pas vraiment explicitement sur le sujet), actuel représentant de la France qui a aidé la Chine à construire ce labo avec les mêmes objectifs que les Chinois

                                C’est aussi la conception des médias français dominants, dont tout le monde sait maintenant que, sur cette question particulièrement importante, ils sont totalement soumis aux conceptions gouvernementales de la « communication ».


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