Legestr glaz

@Eric F

Je vous reprends : « voilà ce qu’un enfant de six ans peut comprendre ». Donc « vous devez » le comprendre Eric F ! Voici « des preuves » de votre inculture biologique.

Dans l’étude fondatrice de janvier 2020, Na Zhu et al. ont identifié un nouveau coronavirus à partir d’échantillons respiratoires humains en utilisant une approche de séquençage métagénomique.
Cette approche repose sur un principe clé : séparer informatiquement les séquences humaines des séquences non humaines en comparant les lectures obtenues à un « génome humain de référence ».

À cette date, années 2019-2020, le seul génome humain de référence disponible était « GRCh38 ». Or, il est désormais établi que GRCh38 était incomplet, laissant environ 8 % du génome humain non représenté, principalement des régions répétitives (centromères, LINE-1, Alu, HERV, duplications segmentaires) (1).

Concrètement, cela signifie que toute séquence issue de ces régions humaines absentes ne pouvait pas être reconnue comme humaine par le pipeline bioinformatique, puisqu’elle n’avait aucun équivalent dans la référence utilisée. Ces séquences n’étaient donc pas éliminées comme « humaines », mais conservées par défaut dans le jeu de données dit “non humain”.

Par ailleurs, l’étude de Zhu et al. ne comporte pas d’étape de purification physique des particules virales, telle qu’une ultracentrifugation sur gradient de densité. La distinction entre matériel humain et non humain repose donc exclusivement sur une comparaison informatique, et non sur une séparation expérimentale préalable (2).

Ce point est méthodologiquement important :

• la classification « non humaine » ne signifie pas « non humaine en réalité », mais seulement « non alignée sur la référence disponible » ;

• l’incomplétude du génome de référence introduit mécaniquement une zone aveugle, dont l’impact n’a pas été quantifié à l’époque.

La probabilité que le génome du SARS-COV2 intègre des séquences humaines inconnues en 2020 est immense parce que l’exhaustivité du génome humain de référence était fausse, comme cela a été démontré ultérieurement en 2022 par une grande équipe de généticiens mondialement respectés. (1)

À ce jour, aucune étude publiée n’a réévalué quantitativement cette étape de filtrage en utilisant un génome humain complet (T2T-CHM13).

• (1) Nurk S. et al., The complete sequence of a human genome, Science, 2022, PMID : 35357919, DOI : 10.1126/science.abj6987.

• (2) Zhu N. et al.,A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019,NEJM, 2020, PMID : 31978945.

@Eric F
Sortez des connaissances du XXème siècle Eric F. Cela fait maintenant plus de 25 ans que le XXIème siècle a débuté et que de nouvelles découvertes sont venues bouleversées la biologie humaine. Par exemple les PPR, les PAMPs, les DAMPs, les TLR, les exosomes, les rétrotransposons, les protéines de fusion, les transcriptases inverses humaines, toute chose que vous négligez et qui vous empêche de « raisonner » !

Vous vivez à une époque révolue, une époque où certaines connaissances étaient inconnues. Votre « réflexion » a lieu au XXème siècle, pas au XXIème siècle.
Juste un peu de retard à l’allumage ! 

@pemile

Le poisson rouge a fait le tour de son bocal et nous revient avec la mémoire vide ?
Copié-collé : « Le virus bactériophage serait alors un exsome bien déguisé ! » Vous avez « déjà » oublié ce que j’ai écris ? Alors je le copie-colle, jusqu’au prochain tour de bocal. Non, les virus ne sont pas des bactériophages, ni les bactériophages ne sont pas des virus. Les exosomes sont des vésicules qui transportent du matériel et des informations d’une cellule à l’autre. 

« Outer-membrane vesicles from Gram-negative bacteria : biogenesis and functions »
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5308417/

Et chez les bactéries à Gram positif on les nomme « vésicules membranaires bactériennes ». 

« Bacterial Membrane Vesicles : Physiological Roles, Infection Immunology, and Applications »
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10477901/

Donc, pour ceux qui voudraient comprendre, par conséquent pas pour vous pemile, les exosomes ont été identifiés comme des messagers cellulaires essentiels de la biologie humaine. Et les OMV et BMV ont été identifiés comme des vésicules messagers de la biologie des bactéries. Les OMV et les BMV remplissent, chez les bactéries, le rôle que remplissent les exosomes pour les cellules humaines. 

Mais votre esprit peut rester figé au milieu du XXème siècle, pemile, c’est vous que cela regarde.

@pemile

Prenons rendez-vous !

Mais avec un émoticône et une onomatopée vous n’irez pas bien loin. Votre « habitude », ici, c’est d’écrire 2 lignes.

Vous êtes simplement désolant. Mais, comme je l’ai souligné à plusieurs reprises, vous êtes un bon moyen de faire préciser certaines avancées. Alors, de ce point de vue, merci pemile.

@Legestr glaz
Suite et fin.

Votre argument « d’enfant de six ans » s’effondre dès qu’on applique une logique d’adulte rigoureux. Les exosomes véhiculent des HERV et LINE-1, des séquences humaines endogènes de type rétroviral.

Ces séquences ne sont pas toutes dans GRCh38 (génome de référence incomplet).

Donc « ne matchent pas GRCh38 » ne signifie pas « agent infectieux exogène » !

Votre comparaison avec les bactéries est un faux parallèle pathétique.

Les « moyens actuels d’observation » dont vous parlez ne distinguent pas virus et exosomes.

Et votre accusation de « pur esprit de contradiction » est une projection : c’est vous qui refusez de considérer les exosomes par dogmatisme. Alors, avant de parler de ce qu’un « enfant de six ans peut comprendre », essayez de comprendre vous-même la biologie cellulaire du XXIe siècle.

Les exosomes existent. Ils transportent de l’ARN. Ils sont indistinguables des « virus enveloppés ».

Prouvez-moi le contraire avec des données rigoureuses, ou admettez que votre « virus » est un exosome mal étiqueté.